Как правильно рассчитать ETA в ProgressBar при (повторном) запуске с заданной позиции?

Это не поддерживается помощником ProgressBar.

Расчетное время рассчитывается методом ProgressBar#getEstimated(), который очень прост:

public function getEstimated(): float
{
    if (!$this->step) {
         return 0;
    }

    return round((time() - $this->startTime) / $this->step * $this->max);
}

При этом учитывается только количество времени, прошедшее с момента запуска индикатора выполнения (которое устанавливается при вызове ProgressBar#start() или в конструкторе в противном случае), и общее количество «шагов», пройденных на данный момент.

Нет различия между «настоящими» шагами и «фальшивыми» шагами. Даже если бы кто-то изменил ProgresBar#step перед вызовом start() (например, в конструкторе), результат был бы таким же, поскольку вычисление расчетного времени будет работать точно так же.

Класс помечен final, что, на мой взгляд, неудачно для вспомогательного класса, поэтому вы не можете просто расширить его и добавить свою логику (например, с дополнительным свойством int $resumedAt, которое можно было бы использовать при расчете предполагаемого оставшегося времени).

Если вам это очень-очень нужно, я бы просто сделал копию класса в вашем проекте и добавил туда необходимую логику.

В качестве простого доказательства концепции я скопировал ProgressBar в App\ProgressBar и добавил следующее:

private int $resumedSteps = 0;

public function resume(int $max = null, int $step = 0): void
{

    $this->startTime = time();
    $this->resumedStep = $step;
    $this->step = $step;

    if (null !== $max) {
        $this->setMaxSteps($max);
    }

    $this->setProgress($step);

    $this->display();
}

public function getEstimated(): float
{
   if ($this->step === 0 || $this->step === $this->resumedStep) {
      return 0;
   }

   return round((time() - $this->startTime) / ($this->step - $this->resumedStep) * $this->max);
}

public function getRemaining(): float
{
   if ($this->step === 0 || $this->step === $this->resumedStep) {
     return 0;
   }

   return round((time() - $this->startTime) / ($this->step - $this->resumedStep) * ($this->max - $this->step));
}

Можно было бы просто использовать это как:

$itemCount = 1_000_000;

$progressBar = new App\ProgressBar($output, $itemCount);
$progressBar->setFormat(
    $progressBar->getFormatDefinition(ProgressBar::FORMAT_DEBUG)
);

$startItem > 0 ? $progressBar->resume($startItem) : $progressBar->start();