Как прочитать более конкретные конфигурации в двух измерениях, которые были перезаписаны лишь частично

На мой взгляд, наиболее подходящим способом является применение серии JOIN для выбора specifc values для кортежа (ключ, проект, машина), а также значений по умолчанию.

Там основная таблица - список кортежей(ключ,project_id,machine_id).
Таблица первого соединения overwrite - при полностью подходящем ключе,project_id,machine_id.
Второе соединение — по ключу, проект с Machine_id=0 — это настройки проекта по умолчанию.
Третье соединение — по ключу, машина с project_id=0 — это настройки машины по умолчанию.
Последнее ПРИСОЕДИНЕНИЕ — по ключу с project_id=0 и machine_id=0 — значения ключа по умолчанию.

Значение результата сначала не является нулевым значением из (project_machine,project default,machine default,key default).

См. пример

С исходными данными

Этот запрос извлекает все значения для всех ключей для всех комбинаций (key,project_id,machine_id) в таблице overwrite.

with mp as(
   select p.project_id,m.machine_id,k
   from (select distinct project_id from overwrite where project_id<>0
      ) p
   cross join (select distinct machine_id from overwrite where machine_id<>0
      ) m 
   cross join (select distinct `key` as k from overwrite 
      ) k
)
select mp.project_id,mp.machine_id,mp.k
  ,coalesce(pm.value,pd.value,md.value,def.value) key_value  -- result key
  ,pm.value project_machine_value -- project and machine
  ,pd.project_id pd_project_id,pd.value project_default -- project defaults
  ,md.machine_id md_machine_id,md.value machine_default -- machine defaults
  ,def.value key_default_value -- default value for key
from mp
left join overwrite pm on pm.key=mp.k and pm.project_id=mp.project_id 
  and pm.machine_id=mp.machine_id
left join overwrite pd on pd.key=mp.k and pd.project_id=mp.project_id 
  and pd.machine_id=0
left join overwrite md on md.key=mp.k and md.machine_id=mp.machine_id 
  and md.project_id=0
left join overwrite def on def.key=mp.k 
  and def.machine_id=0 and def.project_id=0
order by mp.project_id,mp.machine_id

Этот запрос извлекает значение для назначенного (key,project_id,machine_id).

with mp as(
   select 1 as project_id,7 as machine_id,'Uc_max' as k
)
select mp.project_id,mp.machine_id,mp.k
  ,coalesce(pm.value,pd.value,md.value,def.value) key_value  -- result key
  ,pm.value project_machine_value -- project and machine
  ,pd.project_id pd_project_id,pd.value project_default -- project defaults
  ,md.machine_id md_machine_id,md.value machine_default -- machine defaults
  ,def.value key_default_value -- default value for key
from mp
left join overwrite pm on pm.key=mp.k and pm.project_id=mp.project_id 
  and pm.machine_id=mp.machine_id
left join overwrite pd on pd.key=mp.k and pd.project_id=mp.project_id 
  and pd.machine_id=0
left join overwrite md on md.key=mp.k and md.machine_id=mp.machine_id 
  and md.project_id=0
left join overwrite def on def.key=mp.k 
  and def.machine_id=0 and def.project_id=0
;

Если запрос возвращает более 1 строки, то в таблице имеется неоднозначность — вам необходимо решить, что делать в этом случае.

рабочий пример

Пример различных комбинаций значений project_id,machine_id

with mp as(
   select 1 as project_id,7 as machine_id,'Uc_max' as k
  union all
  select 2 as project_id,1 as machine_id,'Uc_max' as k
  union all
  select 2 as project_id,3 as machine_id,'Uc_max' as k
)

select mp.project_id,mp.machine_id,mp.k
  ,coalesce(pm.value,pd.value,md.value,def.value) key_value  -- result key
  ,pm.value project_machine_value -- project and machine
  ,pd.project_id pd_project_id,pd.value project_default -- project defaults
  ,md.machine_id md_machine_id,md.value machine_default -- machine defaults
  ,def.value key_default_value -- default value for key
from mp
left join overwrite pm on pm.key=mp.k and pm.project_id=mp.project_id 
  and pm.machine_id=mp.machine_id
left join overwrite pd on pd.key=mp.k and pd.project_id=mp.project_id 
  and pd.machine_id=0
left join overwrite md on md.key=mp.k and md.machine_id=mp.machine_id 
  and md.project_id=0
left join overwrite def on def.key=mp.k 
  and def.machine_id=0 and def.project_id=0

рабочий пример

Запросы с объединением полезны для управления данными.

Чтобы получить данные, используйте этот короткий запрос (возможно с объединением (...) для одного значения):

select *
  ,(select max(value) value from overwrite t1 
    where t1.`key`=t.`key` and t1.project_id=t.project_id and t1.machine_id=t.machine_id)pm
  ,(select max(value) value from overwrite t2 
    where t2.`key`=t.`key` and t2.project_id=t.project_id and  t2.machine_id=0)pv
  ,(select max(value) value from overwrite t3
    where t3.`key`=t.`key` and t3.project_id=0 and t3.machine_id=t.machine_id )mv
  ,(select max(value) value from overwrite t4
    where t4.`key`=t.`key` and t4.project_id=0 and t4.machine_id=0)dv
from ( select 'Uc_max' as `key`, 1 project_id,2 machine_id) t

рабочий пример

После превосходного вклада @ValNik и решения отдать приоритет проекту над машиной, это кажется намного проще, чем я думал, и следующий запрос, похоже, правильно считывает все ключи конфигурации.

SELECT o.id, o.project_id, o.machine_id, o.key, o.value
FROM overwrite o
WHERE o.id = COALESCE(
    (SELECT o1.id FROM overwrite o1 WHERE o1.key = o.key AND o1.project_id = 1 AND o1.machine_id = 2 LIMIT 1),
    (SELECT o2.id FROM overwrite o2 WHERE o2.key = o.key AND o2.project_id = 1 AND o2.machine_id = 0 LIMIT 1),
    (SELECT o3.id FROM overwrite o3 WHERE o3.key = o.key AND o3.project_id = 0 AND o3.machine_id = 2 LIMIT 1),
    (SELECT o4.id FROM overwrite o4 WHERE o4.key = o.key AND o4.project_id = 0 AND o4.machine_id = 0 LIMIT 1)
);

Извините за беспокойство и большое спасибо за помощь!