Как прочитать код уценки из файла из документа уценки R

Предложение с использованием readLines.

Определите функцию для чтения .md-файла с помощью readLines(), затем замените пустые строки новыми строками, \n, наконец, объедините и распечатайте с помощью cat

pasteReadme <- function(fileName){

  breakFun <- function(x){
    #function to replace empty lines with newline. 
    if (nchar(x) == 0){
      return("\n\n") #double newline to give same space as in the .md-file
    } else {
      return(x)
    }
  }

  storeLines <- readLines(fileName)

  cat(paste0(lapply(storeLines, FUN=function(x) breakFun(x)), collapse = ""))

}

Вывод в формате .Rmd с использованием параметров фрагмента results = 'asis'. Протестировано с изображениями (например, ![](http://example.com/logo.png)) и обычным HTML-кодом. Должно работать в большинстве случаев. См. пример ниже.

о.мд

<!-- #### README -->

<!-- A brief description of the document. -->

#### README


A brief description of the document.

This is some more about text

##### This logo is important for the project

![optional caption text](https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2016/09/RStudio-Logo-Blue-Gray-125.png)

Works with **bold** and *italics*

###### Another Header

<span style = "color:blue">text is blue</span>

.rmd-файл

---
title: "Example"
runtime: shiny
vertical_layout: fill
output:
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: rows
---

```{r setup, include=FALSE}
library(shiny)
library(tidyverse)

pasteReadme <- function(fileName){

  breakFun <- function(x){
    #function to replace empty lines with newline. 
    if (nchar(x) == 0){
      return("\n\n") #double newline to give same space as in the .md-file
    } else {
      return(x)
    }
  }

  storeLines <- readLines(fileName)

  cat(paste0(lapply(storeLines, FUN=function(x) breakFun(x)), collapse = ""))

}

```


Explore
======================================================================

### PLOT 1
```{r}
mtcars %>% ggplot(aes(x=mpg, y=cyl)) + geom_point()
```

### PLOT 2
```{r}
mtcars %>% ggplot(aes(x=mpg, y=qsec)) + geom_point()
```

About
============================================================================


```{r, results='asis'}
pasteReadme("about.md")
```