Есть как минимум два пути, по которым вы можете пойти. Вам придется адаптировать эти идеи к вашим функциям подключения к базе данных, так как у меня нет опыта работы с базами данных Microsoft.

Вложенные циклы

В каждой итерации информации о клиенте выполняйте второй запрос CustomerPhone, используя C_code, полученный от Customer. Как упоминалось в комментариях, используйте оператор while для повторения результатов.

while($row=sqlsrv_fetch_array($query) {

Необходимо соблюдать осторожность, чтобы внутренний запрос не затмил внешний!

Агрегатные функции SQL

Это включает в себя создание более сложного запроса. Вы можете group by поле и база данных объединяет поля:

SELECT 
     Customer.C_Code, C_FirstName, C_LastName, 
     C_Email, C_HomeAddress, C_OfficeAddress, 
     string_agg(C_Phone, ', ') AS phone
FROM Customer
INNER JOIN CustomerPhone ON Customer.C_code = CustomerPhone.C_code
WHERE
     Customer.C_code = ?
GROUP BY Customer.C_code

(обратите внимание, что в некоторых базах данных требуется, чтобы каждое поле использовалось в предложении group by)

(примечание 2. Это параметризованный запрос, который следует использовать с командой подготовки. См. документацию по подготовленным операторам. Это правильный способ использования значений в запросе)

Как показано, они будут перечислены как csv. Вы также можете использовать <br>, чтобы разделить их вместо запятой.

Причина такого неожиданного поведения заключается в том, что вам нужно вывести номер телефона клиента из первой выбранной строки (echo "<p class=\"card-text\">C_Phone: ". $row['C_Phone'] . "<br>"; вместо echo "<p class=\"card-text\">C_Phone: ";).

Вы также можете рассмотреть следующее:

• Используйте явный синтаксис JOIN.
• Используйте параметризованные запросы. Как упоминается в документации , функция sqlsrv_query хорошо подходит для одноразовых запросов и должна быть выбрана по умолчанию для выполнения запросов, если не применяются особые обстоятельства, а функция sqlsrv_query выполняет как подготовку операторов, так и их выполнение, и может использоваться для выполнения параметризованных запросов.

Следующий пример, основанный на вашем коде, является возможным решением вашей проблемы:

if (!empty($_GET['customer_id'])) { 
    // Customer Information
    $sql = "
        SELECT c.C_Code, c.C_FirstName, c.C_LastName, c.C_Email, c.C_HomeAddress, c.C_OfficeAddress, p.C_Phone
        FROM Customer c
        JOIN CustomerPhone p ON c.C_code = p.C_code
        WHERE c.C_code = ?;
    ";
    $params = array($_GET['customer_id']);
    $query = sqlsrv_query($conn, $sql, $params);
    if ($query === false) {
        echo "Error (sqlsrv_query): ".print_r(sqlsrv_errors(), true);
        exit;
    }   
    // fetch data
    $row = sqlsrv_fetch_array($query);
    if (!empty($row)) {
        echo "
        <div class=\"card\" style=\"width: 25rem; margin-left: auto; margin-right: auto;\">
            <div class=\"card-body\">
                <h5 class=\"card-title\">Customer Information</h5>";
        echo "<p class=\"card-text\">C_code: " . $row['C_Code'] . "</p>";
        echo "<p class=\"card-text\">C_Name: " . $row['C_FirstName'] . " " . $row['C_LastName'] . "</p>";
        echo "<p class=\"card-text\">C_Email: " . $row['C_Email'] . "</p>";
        echo "<p class=\"card-text\">C_HomeAddress: " . $row['C_HomeAddress'] . "</p>";
        echo "<p class=\"card-text\">C_OfficeAddress: " . $row['C_OfficeAddress'] . "</p>";
        echo "<p class=\"card-text\">C_Phone: ". $row['C_Phone'] . "<br>";
        while ($row = sqlsrv_fetch_array($query))
        {   
            echo $row['C_Phone'] . "<br>";
        }
        echo "</p>";
        echo "
            </div>
        </div>";
    }
}