Как рассчитать процент архитектуры вложенных таблиц в mysql

Вы можете использовать следующий запрос

SELECT target.cardid as 'card_id', target.total as 'total_lists', IFNULL(progress.total,0) as 'total_filled'
FROM   (SELECT l.cardid, Count(l.id) total 
        FROM   lists l 
        GROUP  BY l.cardid) target
LEFT JOIN (SELECT l.cardid, userlist.userid, Count(userlist.listid) total 
                   FROM   lists l 
                          INNER JOIN (SELECT ut.userid, t1.listid, Count(ut.taskid) tcount 
                                      FROM   user_tasks ut 
                                             INNER JOIN tasks t1 ON t1.id = ut.taskid 
                                      GROUP  BY ut.userid, t1.listid) userlist --- STEP#1
                                  ON l.id = userlist.listid 
                          INNER JOIN (SELECT t.listid, Count(*) tcount 
                                      FROM   tasks t 
                                      GROUP  BY t.listid) tasklist --- STEP#2
                                  ON userlist.listid = tasklist.listid  AND userlist.tcount = tasklist.tcount --- STEP#3
                   GROUP  BY l.cardid, userlist.userid) progress  -- STEP#4
ON target.cardid = progress.cardid; 

Описание:

• Step#1: Определите количество задач для каждого user_id и list_id.
• Step#2: определить количество задач на list_id для всех списков.
• Step#3: фильтровать записи в user_task, в которых нет записей для всех задач в списке.
• Step#4: получить количество списков в user_task, в котором есть записи для всех задач.
• Наконец, присоединитесь к подзапросам target и progress, чтобы получить окончательный результат.

Демо: https://www.db-fiddle.com/f/5tAzoL49SSd2SJDK5k19a3/3

Примечание: Пара замечаний

1. В идеале на столе tasks не должно быть cardid, должно присутствовать только listid.
2. Могут ли 2 разных пользователя работать на одной карте? В этом случае в результат также необходимо включить userid. Обратитесь - https://www.db-fiddle.com/f/5tAzoL49SSd2SJDK5k19a3/4

Это довольно просто. Чтобы найти все списки с задачами и проверить, все ли их задачи заполнены, вы делаете это:

select lists.id,
     count(tasks.id)=count(user_tasks.id) filled  
from lists
join tasks on tasks.lists_id=lists.id
left join user_tasks on user_tasks.task_id=tasks.id
group by lists.id

Чтобы получить отчет о количестве полных и заполненных списков на карточку, вы используете это как подзапрос (добавляя card_id, чтобы иметь возможность искать списки по карточкам):

select card.id,
    count(card_lists.id) as total_lists,
    sum(card_lists.filled) as total_filled
from card
join (
    select lists.id, lists.card_id,
        count(tasks.id)=count(user_tasks.id) filled  
    from lists
    join tasks on tasks.lists_id=lists.id
    left join user_tasks on user_tasks.task_id=tasks.id
    group by lists.id, lists.card_id
) card_lists on card_lists.card_id=card.id
group by card.id

Если задачу могут выполнять несколько пользователей, измените count(user_tasks.id) на count(distinct user_tasks.tasks_id).