Как разбить файл fasta на желаемую длину нуклеотидов в R?

Будучи полным новичком в языке программирования и особенно R, я застрял в этой проблеме с нескольких дней.

У меня есть случайный файл fasta:

>header AAAATGGGGCTTTTACCCCGATA

My desired output is:

segment1 AAAAT
segment2 GGGGC
segment3 TTTTA
segment4 CCCCG
segment5 ATA

Мне нужна небольшая помощь в решении этого. Любая помощь будет высоко оценена!

Предоставьте достаточно кода, чтобы другие могли лучше понять или воспроизвести проблему.

— 22.03.2022 13:25

r fasta

22.03.2022 11:45

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?

Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...

Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией

В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.

Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox

Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...

Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest

В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...

Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️

Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...

Пользовательский скаляр GraphQL

Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Вот как бы я это сделал:

# Use the Biostrings package to parse fasta file and store long strings
# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biostrings.html 
require(Biostrings)

# Create test data
fileConn<-file("test.fa")
writeLines(c(
    ">header1",
    "AAAATGGGGC",
    "TTTTACCCCG",
    "ATA",
    ">header2",
    "ACGTACG"
), fileConn)
close(fileConn)

# Read fasta file
string_set <- readBStringSet("test.fa", format = "fasta")
string_set

# Segment the first sequence
sequence = string_set[[1]]
sequence_length = length(sequence)
segment_length = 5

segment_count = ceiling(sequence_length/segment_length) # number of segments
segments <- lapply(1:segment_count, function(segment_id) {
    start_position <- (segment_id-1)*segment_length + 1
    end_position <- min(start_position + segment_length - 1, sequence_length)
    segment <- as.character(subseq(sequence,start_position,end_position))
    segment_name <- sprintf("Segment%s", segment_id)
    c(`Segment Name`=segment_name, `Segment`=segment)
})
segments <- as.data.frame(do.call(rbind, segments))
segments