Как разделить элементы в разных столбцах по разным символам с помощью R?

Следующее достигает того, что вы хотите. В первую очередь используются следующие функции/соображения:

• separate_long_delim разбивает запись, разделенную запятыми, на несколько строк, дублируя другие столбцы;
• str_extract_all по шаблону \\d+ находит все цифры;
• Понимание построения шаблона в info позволяет вытягивать правильные цифры.

Вам придется расширить конструкцию strippedinfo, если ваша строка info содержит более 4 элементов /.

library(tidyverse)

d <- structure(
  list(
    ref = c("A", "C", "A", "G", "C"), 
    alt = c("T, TAA, TAAAA, TAAAAA", "G, GC, GCCG", "T", "A.G", "G"), 
    chr = c("chr1", "chr1", "chr1", "chr1", "chr2"), 
    pos_s = c(2313007, 2456780, 2578901, 2689511, 18907652), 
    pos_e = c(2313009, 2456784, 2578903, 2689513, 18907654), 
    format = c("GT:AD", "GT:AD", "GT:AD", "GT:AD", "GT:AD"), 
    info = c("0/1/2/3/4:296,5,33,29,55", "0/1/2/3:376,22,13,7","0/1:323,24", "0/1:288,21", "0/1:3342,25")
  ), 
  class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), 
  row.names = c(NA, -5L)
)

stripinfo <- function (infostring) {
  digext <- str_extract_all(
    string = infostring,
    pattern = '\\d+'
  )[[1]]
  
  strippedinfo <- switch(
    EXPR = str_count(
      string = infostring,
      pattern = '/'
    ),
    infostring, # Only 1 '/' found
    paste(
      paste0('0/1:', digext[4], ';', digext[5]),
      paste0('0/2:', digext[4], ';', digext[6]),
      sep = ','
    ), # Two '/' found
    paste(
      paste0('0/1:', digext[5], ';', digext[6]),
      paste0('0/2:', digext[5], ';', digext[7]),
      paste0('0/3:', digext[5], ';', digext[8]),
      sep = ','
    ), # Three '/' found
    paste(
      paste0('0/1:', digext[6], ';', digext[7]),
      paste0('0/2:', digext[6], ';', digext[8]),
      paste0('0/3:', digext[6], ';', digext[9]),
      paste0('0/4:', digext[6], ';', digext[10]),
      sep = ','
    ), # Four '/' found
    paste(infostring, '!') # Add more here...
  )
  
  return(strippedinfo)
  
}

d

d %>% mutate(
  info = str_replace_all(
    string = info,
    pattern = ',',
    replacement = ';'
  ) %>% map_chr(
    .f = stripinfo
  )
) %>% separate_longer_delim(
  cols = c(
    alt, info
  ),
  delim = stringr::regex('\\s*,\\s*')
) %>% mutate(
  info = str_replace(
    string = info,
    pattern = ';',
    replacement = ','
  )
)

Выход:

# A tibble: 10 x 7
   ref   alt    chr      pos_s    pos_e format info       
   <chr> <chr>  <chr>    <dbl>    <dbl> <chr>  <chr>      
 1 A     T      chr1   2313007  2313009 GT:AD  0/1:296,5  
 2 A     TAA    chr1   2313007  2313009 GT:AD  0/2:296,33 
 3 A     TAAAA  chr1   2313007  2313009 GT:AD  0/3:296,29 
 4 A     TAAAAA chr1   2313007  2313009 GT:AD  0/4:296,55 
 5 C     G      chr1   2456780  2456784 GT:AD  0/1:376,22 
 6 C     GC     chr1   2456780  2456784 GT:AD  0/2:376,13 
 7 C     GCCG   chr1   2456780  2456784 GT:AD  0/3:376,7  
 8 A     T      chr1   2578901  2578903 GT:AD  0/1:323,24 
 9 G     A.G    chr1   2689511  2689513 GT:AD  0/1:288,21 
10 C     G      chr2  18907652 18907654 GT:AD  0/1:3342,25