Вам нужно сгладить данные

Если вы в первую очередь работаете только с прямоугольными матрицами, я бы рекомендовал всегда хранить ваши матрицы в таком виде, но в любом случае вам нужно будет привести их в эту форму, прежде чем пытаться отправить эти данные в память вашего устройства. .

template<typename T>
class Matrix {
    std::vector<T> _data;
    size_t rows, columns;
public:
    Matrix(size_t rows, size_t columns) :rows(rows), columns(columns) {
        _data.resize(rows * columns);
    }

    T & operator()(size_t row, size_t column) & {
        return _data.at(row * columns + column); //Row-Major Ordering
    }
    
    T const& operator()(size_t row, size_t column) const& {
        return _data.at(row * columns + column);
    }

    T operator() size_t row, size_t column) const {
        return _data.at(row * columns + column);
    }

    T * data() & {
        return _data.data();
    }
    
    T const* data() const& {
        return _data.data();
    }

    std::pair<size_t, size_t> size() const {
        return {rows, columns};
    }

    size_t flat_size() const {
        return rows * columns;
    }

    size_t byte_size() const {
        return flat_size() * sizeof(T);
    }
};

int ** file_data = (int **)malloc(TRANSACTIONS * sizeof(int *));
file_data[0] = (int *)malloc((a_size+1) * sizeof(int));
file_data[1] = (int *)malloc((a_size+1) * sizeof(int));
file_data[2] = (int *)malloc((a_size+1) * sizeof(int));
//................................................................

Matrix<int> flat_data(TRANSACTIONS, a_size + 1);
for(size_t row = 0; row < TRANSACTIONS; row++) {
    for(size_t column = 0; column < a_size + 1; column++) {
        flat_data(row, column) = file_data[row][column];
    }
}
//ALTERNATIVE: use this instead of your manual mallocs in the first place!

cudaMemcpyToSymbol(flat_data.data(), /*buffer name*/, flat_data.byte_size());

Это имеет большое преимущество, заключающееся в том, что вам не нужно копировать каждую строку по отдельности в свои собственные буферы, вы можете собрать их все вместе в памяти, экономя память и уменьшая количество вызовов API, которые вам нужно сделать. И класс, разработанный специально для обработки вашей функциональности, не сломается, когда вы неизбежно совершите ошибку, пытаясь вручную обработать все управление указателями в исходном коде.