Как структурировать файл yaml в родительском дочернем порядке?

Этот онлайн-ресурс поможет вам на полпути:

https://mengzhuo.github.io/yaml-to-go/

Вставка вашего yaml дает следующее:

type AutoGenerated struct {
    API struct {
        Local struct {
            Host string `yaml:"host"`
            Port int    `yaml:"port"`
        } `yaml:"local"`
        Develop struct {
            Host interface{} `yaml:"host"`
            Port interface{} `yaml:"port"`
        } `yaml:"develop"`
        Production struct {
            Host interface{} `yaml:"host"`
            Port interface{} `yaml:"port"`
        } `yaml:"production"`
    } `yaml:"api"`
    RestAPI struct {
        Local struct {
            Host string `yaml:"host"`
            Port int    `yaml:"port"`
        } `yaml:"local"`
        Develop struct {
            Host interface{} `yaml:"host"`
            Port interface{} `yaml:"port"`
        } `yaml:"develop"`
        Production struct {
            Host interface{} `yaml:"host"`
            Port interface{} `yaml:"port"`
        } `yaml:"production"`
    } `yaml:"rest-api"`
}

Есть очевидные дубликаты подтипов. Так что можно обрезать.

Первый проход:

type Address struct {
    Host string `yaml:"host"`
    Port int    `yaml:"port"`
}

type MyConfig struct {
    API struct {
        Local      Address `yaml:"local"`
        Develop    Address `yaml:"develop"`
        Production Address `yaml:"production"`
    } `yaml:"api"`
    RestAPI struct {
        Local      Address `yaml:"local"`
        Develop    Address `yaml:"develop"`
        Production Address `yaml:"production"`
    } `yaml:"rest-api"`
}

Второй (и последний) проход:

type Address struct {
    Host string `yaml:"host"`
    Port int    `yaml:"port"`
}

type Deployment struct {
    Local      Address `yaml:"local"`
    Develop    Address `yaml:"develop"`
    Production Address `yaml:"production"`
}

type MyConfig struct {
    API     Deployment `yaml:"api"`
    RestAPI Deployment `yaml:"rest-api"`
}