Как убедиться, что оператор Print выполняется только тогда, когда символы различны?

Вы можете использовать следующий код, нет необходимости иметь 2 вложенных цикла для сжатия. Одного цикла, проходящего через входную строку, более чем достаточно.

class Compress {

  public static void main(String[] args) {
    Scanner scanner = new Scanner(System.in);
    System.out.print("Enter a string: ");
    String inputString = scanner.nextLine();
    scanner.close();
    System.out.println("Compressed Input: " + compressInput(inputString));
  }

  private static String compressInput(String str) {
    if (str.isEmpty())
        return "";
    if (str.length() == 1)
        return str + "1";

    StringBuilder result = new StringBuilder();
    int cmpt = 1;
    for (int i = 1; i < str.length(); i++) {
      if (str.charAt(i - 1) == str.charAt(i))
          cmpt++;
      else {
          result.append(str.charAt(i-1));
          result.append(cmpt);
          cmpt=1;
      }
    } 
    result.append(str.charAt(str.length()-1));
    result.append(cmpt);
    return result.toString();
  }

}

Пример вывода:

Enter a string: aaabbbbccddddeeeefg
Compressed Input: a3b4c2d4e4f1g1

Collections.frequency действительно дает вам количество, как вы можете видеть в своем выводе, но проблема здесь в том, что вам нужно сгруппировать по каждому персонаж в строке.

Воспользуйтесь картой:

Map<Character, Long> countMap = new HashMap<>();
for (int i = 0; i < inputString.length(); i++) {
    countMap.merge(Character.valueOf(inputString.charAt(i)), 1L, (k, v) -> k + v);
}

countMap.forEach((k, v) -> System.out.print(k + "" + v));

Вы также можете сделать это аналогичным образом, как показано ниже. Я использовал карту, в которой ключом является символ, а значением является частота появления.

public class Compress {

    static int i;
    static int freq;

    public static void main(String args[]) {
        System.out.println("Enter a String");
        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        HashMap<Character, Integer> hmap = new HashMap<>();
        String str = sc.nextLine();
        List<Character> arrlist = new ArrayList<Character>();
        for (int i = 0; i < str.length(); i++) {
            arrlist.add(str.charAt(i));
        }
        for (int i = 0; i < str.length(); i++) {
            freq = Collections.frequency(arrlist, str.charAt(i));
            hmap.put(str.charAt(i), freq);
        }

        for (Character c : hmap.keySet()) {
            System.out.print(c + "" + hmap.get(c));
        }
    }
}