Как удалить массив элементов в mongodb

Попробуйте, как показано ниже:

router.post('/connectedusers', function(req,res) {
connection.connectedusers.update(
        {},                   //  Missing query part
        { 
           $pull: { 
                 fruits: { $in: [ "apples", "oranges" ] }, 
                 vegetables: "carrots" 
           } 
        },
        { multi: true }
    )
    connection.connectedusers.find({}, function (err, docs) {
        if (err) throw err;
        res.json({
            docs: docs
        })
    })
});

Ваш запрос работает нормально, я попробовал его на своем конце. Вам не хватало части запроса из функции MongoDB Обновить

Вы забыли запрос на соответствие, а также функции базы данных асинхронный, поэтому вам потребуется Ждите для завершения операции обновления, прежде чем запрашивать, чтобы проверить, изменилась ли база данных, это можно сделать с помощью асинхронные функции

// change callback to an async arrow function
router.post('/connectedusers', async (req, res) => {
    try {
        // wait for this operation to complete before continuing
        await connection.connectedusers.update(
            {},
            { $pull: { fruits: { $in: [ "apples", "oranges" ] }, vegetables: "carrots" } },
            { multi: true }
        );
        // update complete now wait for the find query
        const docs = await connection.connectedusers.find({});
        // no errors, send docs.
        // if the variable name is the same as your field
        // that you want to send in the object you can just
        // pass that variable directly
        res.json({ docs });
    // catches errors from both update and find operations
    } catch (err) {
        // set the status code and send the error
        res.status(/* error status */).json(err);
    }
});