Как удалить строки, если n-й столбец содержит определенное слово?

chr1    26150023    26150023    ncRNA_exonic    
chr1    26162313    26162313    exonic      
chr1    26349533    26349535    exonic  
chr1    26357656    26357656    UTR5        
chr1    26487940    26487940    exonic  
chr1    26150023    26150023    ncRNA_exonic    
chr1    26162353    26162313    splicing        
chr1    26349533    26349535    exonic;splicing 
chr1    26357656    26357656    exonic      
chr1    26487940    26487940    UTR3    
chr1    26357656    26357656    intronic        
chr1    26487940    26487940    intergenic

У меня есть очень большой CSV-файл. Он включает в себя десятки столбцов и тысячи строк. Я хочу удалить строки, если 4-й столбец этих строк содержит любую строку, кроме экзонической, экзонической, сплайсинга, сплайсинга.

После удаления мой файл будет выглядеть так:

chr1    26162313    26162313    exonic      
chr1    26349533    26349535    exonic 
chr1    26487940    26487940    exonic  
chr1    26162353    26162313    splicing        
chr1    26349533    26349535    exonic;splicing 
chr1    26357656    26357656    exonic

Я пробовал с sed, но он удаляет ненужные строки. Например, если у меня есть UTR3 в 10-м столбце, он также удалит эту строку, а я этого не хочу. Я использовал эту команду:

sed -e '/upstream/d' -e '/downstream/d' -e '/intronic/d' -e '/intergenic/d' -e '/ncRNA_exonic/d' -e '/ncRNA_intronic/d' -e '/ncRNA_splicing/d' -e '/ncRNA_UTR5/d' -e '/UTR3/d' -e '/UTR5/d' input.csv > output.csv 

Могу ли я как-нибудь получить эту работу?

заранее спасибо

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
0
136
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Используйте awk и регулярное выражение для проверки 4-го столбца.

awk '$4 ~ "^(exonic|exonic;splicing|splicing)$"' file

Выход:

chr1    26162313    26162313    exonic      
chr1    26349533    26349535    exonic  
chr1    26487940    26487940    exonic  
chr1    26162353    26162313    splicing        
chr1    26349533    26349535    exonic;splicing 
chr1    26357656    26357656    exonic

Спасибо. Меня устраивает. Я использую файл csv, и мои строки разделены запятой. Так что мне тоже пришлось добавить -F','. Я хочу исключить первую строку. Я забыл упомянуть об этом в своем вопросе. Итак, как я могу это сделать?

Saruman 19.05.2019 12:59

Чтобы печатать всегда первой строкой, замените $4 на NR == 1 || $4.

Cyrus 19.05.2019 13:21

Другие вопросы по теме