Как указать dtype для всех столбцов при чтении CSV-файла с помощью pyarrow?

Я хочу прочитать большой файл CSV с помощью pyarrow. Все мои столбцы - float64. Но pyarrow, кажется, делает вывод о int64.

Как указать dtype для всех столбцов?

import gcsfs
import pyarrow.dataset as ds

fs = gcsfs.GCSFileSystem(project='my-google-cloud-project')

my_dataset = ds.dataset("bucket/foo/bar.csv", format = "csv", filesystem=fs)

my_dataset.to_table()

который производит:

ArrowInvalid                              Traceback (most recent call last)
........py in <module>
----> 65 my_dataset.to_table()

File /opt/conda/envs/py39/lib/python3.9/site-packages/pyarrow/_dataset.pyx:491, in pyarrow._dataset.Dataset.to_table()

File /opt/conda/envs/py39/lib/python3.9/site-packages/pyarrow/_dataset.pyx:3235, in pyarrow._dataset.Scanner.to_table()

File /opt/conda/envs/py39/lib/python3.9/site-packages/pyarrow/error.pxi:143, in pyarrow.lib.pyarrow_internal_check_status()

File /opt/conda/envs/py39/lib/python3.9/site-packages/pyarrow/error.pxi:99, in pyarrow.lib.check_status()

ArrowInvalid: In CSV column #172: Row #28: CSV conversion error to int64: invalid value '6.58841482364418'

Конечно, у вас есть определенные причины не использовать pandas, верно?

Amirhossein Kiani 18.03.2022 22:10

@AmirhosseinKiani да. панды медленнее. ursalabs.org/blog/fast-pandas-loading

william_grisaitis 18.03.2022 22:13

конечно, я думаю, что потратил около 10 часов на изучение pyarrow, лол, и мне нечего показать. но это кажется удивительным проектом (стрелка) и lib (pyarrow)!

william_grisaitis 18.03.2022 22:33

Честно говоря, я надеялся услышать, что вы открыты для использования pandas:). Я не эксперт в использовании pyarrow (честно говоря, впервые слышу его название), но теперь я обнаружил, что pyarrow работает быстрее! Спасибо за заметку, Уильям. Надеюсь, вы найдете свой ответ.

Amirhossein Kiani 18.03.2022 22:42

Попробуйте установить типы столбцов через ConvertOptions (arrow.apache.org/docs/python/generated/…). Например. как предложено здесь: stackoverflow.com/a/57199732/10615379

Rok 18.03.2022 23:06
pandas и pyarrow обычно друзья, и вам не нужно выбирать кого-то одного. Если ваш набор данных удобно помещается в памяти, вы можете загрузить его с помощью pyarrow и преобразовать в pandas (особенно если ваш набор данных состоит только из float64, и в этом случае преобразование будет нулевым копированием).
Pace 19.03.2022 00:50
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
6
38
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Модуль набора данных Pyarrow считывает CSV-файлы порциями (я думаю, по умолчанию это 1 МБ) и обрабатывает эти порции параллельно. Это делает вывод столбца немного сложным, и он справляется с этим, используя первый фрагмент для вывода типов данных. Таким образом, ошибка, которую вы получаете, очень распространена, когда в первом фрагменте файла есть столбец, который выглядит целым, но в будущих фрагментах столбец имеет десятичные значения.

Если вы заранее знаете имена столбцов, вы можете указать типы данных столбцов:

import pyarrow as pa
import pyarrow.csv as csv
import pyarrow.dataset as ds

column_types = {'a': pa.float64(), 'b': pa.float64(), 'c': pa.float64()}
convert_options = csv.ConvertOptions(column_types=column_types)
custom_csv_format = ds.CsvFileFormat(convert_options=convert_options)
dataset = ds.dataset('/tmp/foo.csv', format=custom_csv_format)

Если вы не знаете имена столбцов, все немного сложнее. Тем не менее, похоже, что ВСЕ столбцы float64. В этом случае, поскольку у вас есть только один файл, вы, вероятно, можете сделать что-то вроде этого в качестве обходного пути:

dataset = ds.dataset('/tmp/foo.csv', format='csv')
column_types = {}
for field in dataset.schema:
  column_types[field.name] = pa.float64()
# Now use column_types as above

Это работает, потому что мы вызываем pa.dataset(...) дважды, и это будет иметь небольшие накладные расходы. Это связано с тем, что каждый раз, когда мы вызываем pa.dataset(...), pyarrow будет открывать первую часть первого файла в наборе данных, чтобы определить схему (вот почему мы можем использовать dataset.schema).

Если у вас есть несколько файлов с разными столбцами, этот подход не сработает. В этом случае я бы порекомендовал написать в список рассылки Arrow user@, и мы могли бы провести более общую дискуссию о различных способах решения проблемы.

Другие вопросы по теме