Как установить патч np.savez_compressed, чтобы добавить уровень сжатия, не редактируя исходные файлы numpy?

Мне нужно изменить ZIP compressionlevel, используемый внутри np.savez_compressed . На Numpy Github есть предложение по функции, но оно еще не реализовано.

Я вижу два варианта:

  • измените исходный файл /numpy/lib/npyio.py и замените zipf = zipfile_factory(file, mode = "w", compression=compression) на <idem>..., compresslevel=compresslevel), но это создает нагрузку, заключающуюся в том, что при каждой переустановке или обновлении после pip install numpy мне приходится делать эту модификацию: это неоптимальное решение.

  • Monkey-Patching функция _savez

Как это сделать?

Здесь я попробовал второй вариант, но он не работает с ValueError: seek of closed file, но я не понимаю, почему:

import numpy as np

def _savez(file, args, kwds, compress, allow_pickle=True, pickle_kwargs=None):
    import zipfile
    if not hasattr(file, 'write'):
        file = os_fspath(file)
        if not file.endswith('.npz'):
            file = file + '.npz'
    namedict = kwds
    for i, val in enumerate(args):
        key = 'arr_%d' % i
        if key in namedict.keys():
            raise ValueError("Cannot use un-named variables and keyword %s" % key)
        namedict[key] = val
    if compress:
        compression = zipfile.ZIP_DEFLATED
    else:
        compression = zipfile.ZIP_STORED
    zipf = np.lib.npyio.zipfile_factory(file, mode = "w", compression=compression, compresslevel=2)  # !! the only modified line !!
    for key, val in namedict.items():
        fname = key + '.npy'
        val = np.asanyarray(val)
        # always force zip64, gh-10776
        with zipf.open(fname, 'w', force_zip64=True) as fid:
            format.write_array(fid, val, allow_pickle=allow_pickle, pickle_kwargs=pickle_kwargs)
    zipf.close()

np.lib.npyio._savez = _savez    

x = np.array([1, 2, 3, 4])
with open("test.npz", "wb") as f:
    np.savez_compressed(f, x=x)
Почему в Python есть оператор "pass"?
Почему в Python есть оператор "pass"?
Оператор pass в Python - это простая концепция, которую могут быстро освоить даже новички без опыта программирования.
Некоторые методы, о которых вы не знали, что они существуют в Python
Некоторые методы, о которых вы не знали, что они существуют в Python
Python - самый известный и самый простой в изучении язык в наши дни. Имея широкий спектр применения в области машинного обучения, Data Science,...
Основы Python Часть I
Основы Python Часть I
Вы когда-нибудь задумывались, почему в программах на Python вы видите приведенный ниже код?
LeetCode - 1579. Удаление максимального числа ребер для сохранения полной проходимости графа
LeetCode - 1579. Удаление максимального числа ребер для сохранения полной проходимости графа
Алиса и Боб имеют неориентированный граф из n узлов и трех типов ребер:
Оптимизация кода с помощью тернарного оператора Python
Оптимизация кода с помощью тернарного оператора Python
И последнее, что мы хотели бы показать вам, прежде чем двигаться дальше, это
Советы по эффективной веб-разработке с помощью Python
Советы по эффективной веб-разработке с помощью Python
Как веб-разработчик, Python может стать мощным инструментом для создания эффективных и масштабируемых веб-приложений.
0
0
58
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Я нашел еще более простое решение:

import numpy as np
def zipfile_factory(file, *args, **kwargs):
    if not hasattr(file, 'read'):
        file = os_fspath(file)
    import zipfile
    kwargs['allowZip64'] = True
    kwargs['compresslevel'] = 4
    return zipfile.ZipFile(file, *args, **kwargs)
np.lib.npyio.zipfile_factory = zipfile_factory
with open("test.npz", "wb") as f:
    np.savez_compressed(f, x=np.ones(10_000_000))

Обновлено: старое решение:

Тем временем я нашел решение: format следует заменить на np.lib.npyio.format. Теперь это работает:

import numpy as np

def _savez(file, args, kwds, compress, allow_pickle=True, pickle_kwargs=None):
    import zipfile
    if not hasattr(file, 'write'):
        file = os_fspath(file)
        if not file.endswith('.npz'):
            file = file + '.npz'
    namedict = kwds
    for i, val in enumerate(args):
        key = 'arr_%d' % i
        if key in namedict.keys():
            raise ValueError("Cannot use un-named variables and keyword %s" % key)
        namedict[key] = val
    if compress:
        compression = zipfile.ZIP_DEFLATED
    else:
        compression = zipfile.ZIP_STORED
    zipf = np.lib.npyio.zipfile_factory(file, mode = "w", compression=compression, compresslevel=1)
    for key, val in namedict.items():
        fname = key + '.npy'
        val = np.asanyarray(val)
        # always force zip64, gh-10776
        with zipf.open(fname, 'w', force_zip64=True) as fid:
            np.lib.npyio.format.write_array(fid, val, allow_pickle=allow_pickle, pickle_kwargs=pickle_kwargs)
    zipf.close()

np.lib.npyio._savez = _savez    

with open("test.npz", "wb") as f:
    np.savez_compressed(f, x=np.array([1, 2, 3]))

Другие вопросы по теме