Я хочу добавить значение tmp disk в мой процесс nextflow.
Требования к процессору и памяти настроены, но как добавить значение tmp disk? Данные важны планировщику (slurm) для выбора подходящего узла.
Облако заголовков процесса nextflow будет:
process TEST {
echo true
cpus '8'
memory '40 GB'
script:
"""
"""
}
Это значение вызывается в slurm tmp disk, его можно просмотреть с помощью squeue -o "%C %m %d"
, столбец MIN_TMP_DISK
.
Если какая-либо информация отсутствует, пожалуйста, дайте мне знать.
Спасибо
Вы можете использовать директиву процесса Параметры кластера с исполнителем ГРЯЗЬ. Судя по документам отрывок, вы ищете вариант --tmp
:
--tmp=[units]
Specify a minimum amount of temporary disk space per node. Default units are megabytes. Different units can be specified using the suffix [K|M|G|T].
Например:
process TEST {
debug true
clusterOptions '--tmp=1T'
cpus 8
memory 40.GB
"""
echo "Hello world"
"""
}