Как вы импортируете сеть, используя матрицу путаницы?

Насколько я знаю о Cytoscape, не существует простых способов импортировать матрицу путаницы в Cytoscape. Хотя, возможно, некоторые приложения поддерживают это.

Самое простое, что можно сделать, это преобразовать вашу матрицу в подходящий формат, например, используя следующий скрипт.
Затем вы сможете импортировать полученный CSV-файл напрямую в Cytoscape, даже перетаскивая его на сетевую панель.

#!/usr/bin/python
import sys

DELIMITER = ","
NO_INTERACTION_VALUE = "0"

if len(sys.argv) != 2:
    print("Please use as follow sh ./matrix-to-list.py <file-to-convert>")
    sys.exit(1)

to_convert_name = sys.argv[1]
result_name = ".".join(to_convert_name.split(".")[:-1]) + "-converted.csv"
output = []

with open(to_convert_name, "r") as to_convert:
    rows = [[value.strip() for value in row.split(DELIMITER)] for row in to_convert.readlines()]
    ids = rows[0][1:]
    for i in range(len(rows) - 1):
        row = rows[i + 1]
        target = row[0]
        for j in range(i + 1):
            value = row[j + 1]
            if value != NO_INTERACTION_VALUE:
                output.append(ids[j] + DELIMITER + target)

with open(result_name, "w") as result_file:
    result_file.write("idA,idB\n")
    result_file.write("\n".join(output))

Приложение aMatReader может выполнять такой импорт, просто установите его и перейдите в Apps > aMatReader > Import Matrix Files