Как вы выполняете операцию над фразой *только* если она находится вне обратных кавычек?

Вы можете разделить по обратной галочке, а затем сделать замену в четных проиндексированных фрагментах:

s = "`Here's an example.` And another example."
res = "`".join(part if i % 2 else part.replace("example", "EXAMPLE") 
                  for i, part in enumerate(s.split("`"))
              )

Или, с регулярным выражением, вы можете смотреть вперед и делать замену только тогда, когда количество обратных кавычек, следующих за ним, четно:

import re

s = "`Here's an example.` And another example."
res = re.sub(r"\bexample\b(?=([^`]*`[^`]*`)*[^`]*$)", "EXAMPLE", s)