Как выполнить GSVA с помощью метода ssGSEA, используя обновленный API в GSVA?

Я работаю над проектом, который предполагает выполнение GSVA с использованием пакета GSVA в R. В частности, я пытаюсь использовать метод анализа обогащения набора генов для одного образца (ssGSEA). Однако я сталкиваюсь с постоянными ошибками, связанными с новым API, представленным в версии Bioconductor 3.18. Сигнатуры функций и их использование изменились, и у меня возникли проблемы с адаптацией моего кода к новым требованиям.

Цель состоит в том, чтобы выполнить GSVA для наборов генов Hallmark с использованием метода ssGSEA с обновленным пакетом GSVA. Данные экспрессии хранятся в объекте ExpressionSet, а наборы генов предоставляются в виде списка.

Сначала я пытался использовать старый стиль API, который напрямую передавал параметры метода в функцию gsva.

gsvaOutH_Hallmark <- gsva(
  expr = exprs(eset),
  gset.idx.list = h,
  method = "ssgsea",
  ssgsea.norm = TRUE,
  verbose = FALSE
)

Я получил следующую ошибку:

Error in gsva(expr = exprs(eset), gset.idx.list = h, method = "ssgsea", ...) : 
  Calling gsva(expr=., gset.idx.list=., method=., ...) is defunct; use a method-specific parameter object (see '?gsva').

Следуя документации, я попытался использовать функции конструктора для создания объекта параметра, специфичного для метода.

ssgsea_params <- ssgseaParam(expr = exprs(eset), gset.idx.list = h, ssgsea.norm = TRUE) Это привело к следующей ошибке:

Error in ssgseaParam(expr = exprs(eset), gset.idx.list = h, ssgsea.norm = TRUE) : 
  unused arguments (gset.idx.list = h, ssgsea.norm = TRUE)

На основе примеров я попытался создать объект параметра с минимальным количеством аргументов.

ssgsea_params <- ssgseaParam(geneSets = h) Я получил еще одну ошибку:

Error in h(simpleError(msg, call)) : 
  error in evaluating the argument 'object' in selecting a method for function 'gsvaAssayNames': argument "exprData" is missing, with no default

Наконец, я попробовал использовать функцию-конструктор без дополнительных аргументов и передать объект параметра функции gsva.

param <- ssgseaParam()

gsvaOutH_Hallmark <- gsva(param, exprs = exprs(eset), gset.idx.list = h, ssgsea.norm = TRUE, verbose = FALSE)

Это также привело к ошибке, сообщающей о неправильном использовании.

Мне нужна помощь в том, как правильно использовать пакет GSVA с новым API для выполнения ssGSEA. В частности, мне нужно понять:

1. Как правильно создать объект ssgseaParam с необходимыми параметрами.
2. Правильный способ передать этот объект параметра в функцию gsva для выполнения анализа.

Любые рекомендации или примеры будут с благодарностью!