Как я могу гарантировать, что тесты с маркером запускаются только в том случае, если это явно запрошено в pytest?

Небольшая модификация примера в Контролировать пропуск тестов в соответствии с параметром командной строки:

# conftest.py

import pytest


def pytest_collection_modifyitems(config, items):
    keywordexpr = config.option.keyword
    markexpr = config.option.markexpr
    if keywordexpr or markexpr:
        return  # let pytest handle this

    skip_mymarker = pytest.mark.skip(reason='mymarker not selected')
    for item in items:
        if 'mymarker' in item.keywords:
            item.add_marker(skip_mymarker)

Примеры тестов:

import pytest


def test_not_marked():
    pass


@pytest.mark.mymarker
def test_marked():
    pass

Запуск тестов с маркером:

$ pytest -v -k mymarker
...
collected 2 items / 1 deselected / 1 selected
test_spam.py::test_marked PASSED
...

Или:

$ pytest -v -m mymarker
...
collected 2 items / 1 deselected / 1 selected
test_spam.py::test_marked PASSED
...

Без маркера:

$ pytest -v
...
collected 2 items

test_spam.py::test_not_marked PASSED
test_spam.py::test_marked SKIPPED
...

Вместо того, чтобы явно говорить «не маркер» при вызове pytest, вы можете добавить следующее в pytest.ini

[pytest]
addopts = -m "not marker"