Как я могу использовать функцию atexit() для очистки вызова функции?

Такое поведение функции atexit() связано с использованием функции _exit(). Эта функция не вызывает функции очистки, такие как atexit() и т. д. Если требуется вызов atexit(), то следует использовать exit() или return вместо _exit().

Так как:

#include<stdio.h>
void ftn(void)
{
    printf(" Function called --> exit\n");
    return;
}
int main(void)
{
    int x = 0;
    atexit(ftn);
    for(;x<0xffffff;x++);
    exit(0);
}

_exit закрыть программу, не вызывая при выходе методы дальнейшее чтение.

Таким образом, используйте exit(0); вместо _exit(0);

#include<stdio.h>
void ftn(void)
{
    printf(" Function called --> exit\n");
    return;
}
int main(void)
{
    int x = 0;
    atexit(ftn);
    for(;x<0xffffff;x++);
    exit(0);
}

Цитирование справочной страницы для _exit()

The _Exit() and _exit() functions shall not call functions registered with atexit() nor any registered signal handlers. Whether open streams are flushed or closed, or temporary files are removed is implementation-defined. Finally, the calling process is terminated with the consequences described below.

Итак, то, что вы видите, является ожидаемым поведением.

Тем не менее, вы должны включить заголовки unistd.h (для _exit()) и stdlib.h (для atexit()) для включения прототипа.

Если вы хотите, чтобы вызывались функции, зарегистрированные с помощью atexit(), вместо этого следует вызывать exit().

The exit() function shall first call all functions registered by atexit(), in the reverse order of their registration, [....]