Как я могу исправить проблему автоматического скрытия импорта js в vs code

попробуйте вместо import cloneDeep from './node_modules/lodash-es/cloneDeep.js

это: import cloneDeep from 'lodash-es/cloneDeep.js

вам не нужно указывать абсолютный путь node_modules, и если это импорт es6, вам нужно добавить запись в package.json:

"type": "module"

вы запускаете его в NodeJs?

редактировать: если редактор кода удаляет его, то это должно быть из-за линтера/расширения, вызвавшего его. Вероятно, потому что вы установили переменную как глобальную. либо проверьте конфигурацию расширения, либо отключите его, либо оберните объявление переменной в функцию

настройки видеокода.json

{
  "editor.codeActionsOnSave": {
    "source.organizeImports": false
  },
}