Как я могу избежать усечения таблицы (таблицы данных) в контейнере flexdashboard дополнительным текстом?

У вас есть несколько вариантов. Вы можете использовать vertical_layout: scroll. Это позволит работать с нумерацией страниц, сохраняя при этом текст в том же контейнере, что и таблица.

---
title: "Untitled"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: columns
    vertical_layout: scroll
---

```{r setup, include=FALSE}
library(flexdashboard)
library(DT)
```

Column {data-width=650}
-----------------------------------------------------------------------

### Chart A

```{r, results='asis'}
cat("This is a text\n\nThis is a text")
```

```{r}
mtcars %>% datatable(options = list(dom = 'tp'))
```

В качестве альтернативы вы можете использовать отдельные контейнеры для текста и таблицы. Вы, вероятно, захотите установить высоту контейнеров с помощью {data-height}, если сделаете это.

---
title: "Untitled"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: columns
    vertical_layout: fill
---

```{r setup, include=FALSE}
library(flexdashboard)
library(DT)
```

Column {data-width=650}
-----------------------------------------------------------------------

### Text A {data-height=50}

```{r, results='asis'}
cat("This is a text\n\nThis is a text")
```

### Chart A

```{r}
mtcars %>% datatable(options = list(dom = 'tp'))
```