Как я могу предотвратить отображение PHPickerViewController содержимого за элементами верхней панели?

Я не уверен, что вижу проблему с вашим снимком экрана. Но правда в том, не могли бы вы опубликовать свой код для представления средства выбора изображений? Мне кажется, что в этом проблема. Для PHPickerViewController требуется iOS14, а это означает, что по умолчанию используется стиль «карты». (Есть способы обойти это.)

По умолчанию он не прозрачен. Используете ли вы API внешнего вида, чтобы сделать все панели навигации прозрачными? Вы можете изменить его, чтобы применять настройки только к определенным экземплярам панелей навигации, а не ко всем.