Как я могу программно редактировать setup.xml для Netlogo?

Я создал симуляцию в NetLogo и хочу провести несколько экспериментов на кластере Linux. Мне нужно заменить путь к файлу в установочном файле xml.

<enumeratedValueSet variable = "str_critterpath">
  <value value = "&quot;C:/Users/jorche/OneDrive - University of Leeds/Analysis/SimpleIBM/netlogo/critters.csv&quot;"/>
</enumeratedValueSet>

Это новый файл, созданный в сценарии R, который создает различные входные данные csv для использования NetLogo. Я собираюсь настроить одиночные запуски с помощью команды system () в сценарии R.

Вот мой сценарий R с некоторыми отметками, обозначающими, где мне нужно сделать копию файла xml с другим путем. Возможно, я захочу изменить другие переменные на более позднем этапе.

library(gtools)

CreatCritterCSV = function(Run, NoCritters){
  x <- 1:21
  for (i in 1:10){
    print(i)
    aperm =  t(as.matrix(permute(x), nrow =1, ncol=21))
    if (i ==1){
      df = data.frame(aperm)
    }else{
      df[i,] = aperm
    }
  }
  filename = paste("critters", Run, ".csv", sep = "")
  write.table(df, file = filename,row.names=FALSE, na = "",col.names=FALSE, sep = ",")
  return(filename)
}


args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
rnorm(RunNo=as.numeric(args[1]), NumberCritters=as.numeric(args[2]))

csvInput = CreatCritterCSV(RunNo, NumberCritters)

InSetupfile = "setup.xml"
#Replace the filepath to critters.csv
#
#
#
#

setupfile = paste("setup", RunNo, ".xml", sep = "")

NetLogoCommand = paste("/home/users/zabados/NetLogo/netlogo-headless.sh --model '/home/users/zabados/Ran.nlogo' --setup-file",  setupfile, "--experiment experiment --table RanTest.csv", sep = " ")

system(NetLogoCommand)

Таким образом, установочный файл xml выглядит следующим образом:

<?xml version = "1.0" encoding = "UTF-8" standalone = "no"?>
<!DOCTYPE experiments SYSTEM "behaviorspace.dtd">
<experiments>
  <experiment name = "experiment" repetitions = "1" runMetricsEveryStep = "false">
    <setup>setup</setup>
    <go>go</go>
    <exitCondition>StoppingStable</exitCondition>
    <metric>saveOutSingles</metric>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffIntraDen">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffWalk">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "maxReproRate">
      <value value = "0.05"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "NumberZetas">
      <value value = "0"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "interdensity">
      <value value = "1"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "ExtraMort">
      <value value = "0.5"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffMaxRepro">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "intraRadius">
      <value value = "0"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffSpeeds">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "GenSpec">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffInterDen">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffSpdCoe">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffStartNum">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "interRadius">
      <value value = "5"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "PopGrowExp">
      <value value = "0.5"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "SameSpeed">
      <value value = "5"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "logiMidpoint">
      <value value = "11"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "Imortal_infert">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DisplaySpecies">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DripFeedRate">
      <value value = "0"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "StartingExp">
      <value value = "10"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffExtraMort">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "SimpleDensity">
      <value value = "true"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "str_critterpath">
      <value value = "&quot;C:/Users/jorche/OneDrive - University of Leeds/Analysis/SimpleIBM/netlogo/critters.csv&quot;"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "intradensity">
      <value value = "2"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "max_age">
      <value value = "3"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "WalkType">
      <value value = "&quot;Logistic&quot;"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffAge">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DripFeedNumber">
      <value value = "1"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "SpeciesPresenceCutOff">
      <value value = "1"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "SpeedCoef">
      <value value = "0.4"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "DiffPopGrExp">
      <value value = "false"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "walk_exp">
      <value value = "0.6"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "CRW_multi">
      <value value = "90"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "StartingEachSpecies">
      <value value = "30"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "PrefMoveExp">
      <value value = "0.5"/>
    </enumeratedValueSet>
    <enumeratedValueSet variable = "MemLen">
      <value value = "2000"/>
    </enumeratedValueSet>
  </experiment>
</experiments>

Любая помощь будет принята с благодарностью. Я попытался использовать gsub xml, как если бы это был текстовый файл, без всякой радости, и проанализировать xml-файл с помощью пакета r xml. Быстро никуда не денешься.

Ваше здоровье.

Итак, единственное, что вам нужно изменить в вашем XML-файле, - это путь к файлу? Вы вручную вводите новый путь к файлу cristers.csv?

Luke C 20.10.2018 00:56

На данный момент мне нужно было изменить это. Мне может потребоваться изменить другие вещи в будущих запусках, но теперь я могу изменить вашу функцию ниже, если потребуется, чтобы взять другую строку path_node_index. Приведенный выше сценарий автоматически генерирует файл csv, поэтому его необходимо автоматически добавлять в файл xml. С вашей помощью у меня теперь есть рабочий сценарий. Спасибо Джордан

Jordan Chetcuti 22.10.2018 10:51
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
2
80
2
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 2

Ответ принят как подходящий

Если вам просто нужно изменить значение пути к файлу в XML-файле, попробуйте эту функцию:

modify_xml_filepath <- function(original_xml, 
                                new_filepath = "", 
                                new_experiment_name = "new_experiment.xml") {
    # Parse the original file
    parsed <- read_xml(original_xml)
    nodeset <- xml_children(xml_children(parsed)[[1]])

    # Get the node that stores the current path
    path_node_index <- which(xml_attrs(nodeset) == "str_critterpath")

    # Save the current value for removal
    to_remove <- xml_children(nodeset[[path_node_index]])

    # Add the new filepath, then remove the old one
    xml_add_child(nodeset[[path_node_index]], "value", "value" = new_filepath)
    xml_remove(to_remove)

    # Write out the modified file
    write_xml(parsed, new_experiment_name)
}

Вызывается так:

modify_xml_filepath(original_xml = "example_experiment.xml", 
                    new_filepath = "new_filepath_here",
                    new_experiment_name = "new_output.xml"
                    )

Выводит для меня новый XML-файл с именем "new_output.xml", в котором str_critterpath изменен на:

<enumeratedValueSet variable = "str_critterpath">
  <value value = "new_filepath"/>
</enumeratedValueSet>

Редактировать: Чтобы включить цитаты в выходной XML-файл (как в исходном), добавьте эту строку над первой строкой xml_add_child(...:

new_filepath = paste("\"", new_filepath, "\"", sep = "")

Новый узел пути к файлу теперь будет выглядеть так:

<enumeratedValueSet variable = "str_critterpath">
  <value value = "&quot;new_filepath_here&quot;"/>
</enumeratedValueSet>

Спасибо. Это сработало отлично. Это первый вопрос, который я задала после того, как много лет читала и тратила часы, а иногда и дни на поиск решений самостоятельно. Ваш ответ сэкономил мне кучу времени и именно то, что мне было нужно. Спасибо еще раз.

Jordan Chetcuti 22.10.2018 10:46

@JordanChetcuti - Рад, что вы на правильном пути, хорошая работа с модификацией! Взгляните на мою правку, чтобы найти возможную альтернативу вашему решению проблемы с цитатой, но я могу ошибиться, если у вас нет quot, как в исходном пути к файлу.

Luke C 22.10.2018 23:11

Этот мод работает очень аккуратно. Спасибо :)

Jordan Chetcuti 24.10.2018 10:50

Для всех, кто пытается заставить это решение работать с Netlogo и компьютерным кластером, мне пришлось внести небольшую поправку в решение Люка С. Это связано с тем, что xml-файл нуждается в "вокруг пути к файлу". Я попытался просто добавить их в путь к файлу и в итоге получил "& amp" quot;, что вызвало проблемы. Поэтому я сделал некоторые замены. Это менее красиво, но теперь работаю над кластер.

modify_xml_filepath <- function(original_xml, 
                                new_filepath = "", 
                                new_experiment_name = "new_experiment.xml") {
  # Parse the original file
  parsed <- read_xml(original_xml)
  nodeset <- xml_children(xml_children(parsed)[[1]])

  # Get the node that stores the current path
  path_node_index <- which(xml_attrs(nodeset) == "str_critterpath")

  # Save the current value for removal
  to_remove <- xml_children(nodeset[[path_node_index]])


  New = gsub("C:/Users/jorche/OneDrive - University of Leeds/Analysis/SimpleIBM/netlogo/critters.csv", new_filepath, to_remove)
  New = sub("<", "", New)
  New = sub("/>", "", New)
  # Add the new filepath, then remove the old one
  #xml_add_child(nodeset[[path_node_index]], "value", "value" = new_filepath)
  xml_add_child(nodeset[[path_node_index]], New)
  xml_remove(to_remove)

  # Write out the modified file
  write_xml(parsed, new_experiment_name)
}

Модификация Люка С намного аккуратнее и выполняет свою работу.

Jordan Chetcuti 24.10.2018 10:53

Другие вопросы по теме