Как я могу связать «печать» с процессом?

Я сделал свой конвейер и хотел бы распечатать перед каждым процессом небольшое описание того, что выполняется.

Я в основном пытался добавить «печать» перед каждым процессом в моем скрипте. Когда я запускаю конвейер, он сначала просто распечатывает все описания, а затем процессы начинают выполняться.

Что я сделал :

// Trimming
println 'Trimming reads with AlienTrimmer'
process Trimming {
    ...
}


// Convert to fasta
println 'Convert files from fastq to fasta'
process Fastq2Fasta {
    ...
}


// Concatenate files
println 'Combine all fasta files'
reads_fasta.collectFile()


// Dereplication
if (params.prefixdrep) println 'Dereplication using prefixes'
else println 'Dereplication using full reads lentgh'
process Dereplication {
    ...
}

Что я получаю:

* Trimming reads with AlienTrimmer
* Convert files from fastq to fasta
* Combine all fasta files
* Dereplication using full reads lentgh
[74/ee63b8] Cached process > Trimming (MOBIO2-16S)
[d7/9b16c3] Cached process > Trimming (IHMS1-16S)
[e8/821f96] Cached process > Trimming (IHMS2-16S)
[2d/bfe805] Cached process > Trimming (MOBIO1-16S)
[a0/6702b3] Cached process > Fastq2Fasta (IHMS1-16S)
[c0/044dcd] Cached process > Fastq2Fasta (MOBIO2-16S)
[84/344d52] Cached process > Fastq2Fasta (MOBIO1-16S)
[7f/20caee] Cached process > Fastq2Fasta (IHMS2-16S)
[aa/ea78e8] Cached process > Dereplication (mycobiote_16S)

Что я хочу :

* Trimming reads with AlienTrimmer
[74/ee63b8] Cached process > Trimming (MOBIO2-16S)
[d7/9b16c3] Cached process > Trimming (IHMS1-16S)
[e8/821f96] Cached process > Trimming (IHMS2-16S)
[2d/bfe805] Cached process > Trimming (MOBIO1-16S)
* Convert files from fastq to fasta
[a0/6702b3] Cached process > Fastq2Fasta (IHMS1-16S)
[c0/044dcd] Cached process > Fastq2Fasta (MOBIO2-16S)
[84/344d52] Cached process > Fastq2Fasta (MOBIO1-16S)
[7f/20caee] Cached process > Fastq2Fasta (IHMS2-16S)
* Combine all fasta files   
* Dereplication using full reads lentgh
[aa/ea78e8] Cached process > Dereplication (mycobiote_16S)
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
0
40
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Быстрый ответ из коробки не возможен. Если вам это действительно нужно, вы можете использовать print в разделе скриптов, например:

process foo {
  script:
  println 'Hello'
  """
  your_command_here
  """
}

Однако вам также нужно будет написать код, чтобы писать это сообщение только в первый раз.

Другие вопросы по теме