Как я могу включить файлы *.class для зависимостей во время сборки java-проекта?

Зависимости, которые вы добавляете для подключаемого модуля Java, по существу добавляются в путь к классам. Как вы, наверное, знаете, путь к классам может содержать только каталоги (обычно содержащие *.class файловые иерархии) или файлы JAR. Однако в объявлении зависимости вы добавляете файлы *.classсамих себя в путь к классам.

Вы должны быть в состоянии исправить свою настройку, просто завися от (a FileCollection) каталога, содержащего *.class файлы:

dependencies {
    implementation files('myClassFilesDir')
}