Как я могу запретить пользователю вводить один и тот же текст дважды

Используйте заданную структуру для хранения всего посещенного кода курса. Это позволит избежать ненужных итераций в вашем массиве курсов.

этот метод может быть расширен до

public static boolean checkCourse(HashSet<String> courses, String code){
     boolean check = false;
     if (courses.contains(code)){
         check = true;
     else
         check = false;
     }
     return check;
}

Инициализируйте курсы с набором хэшей и, если метод checkCourses возвращает false, добавьте код курса в курсы.

Инициализировать перед циклом, как это

 HashSet<String> courseSet = new HashSet<String>();

ваше условие if внутри цикла

 if (checkCourse(courseSet,courses[i])){ // check for variable name , name should always start with lower case letter
    System.out.println("the course already regestered ");
    i--;
    // You can use continue if you don't want processing for it
    // it will skip the loop iteration and it will go next iteration
}else{
    courseSet.add(courses[i]);
}

Я внес некоторые изменения в ваш код, и теперь он работает. Изменения описаны в приведенном ниже коде. Произошло 3 важных изменения. Я пытался внести как можно меньше изменений, чтобы ваш код работал как положено.

public static boolean checkCourse(String[] courseList, String code) {
    boolean check = false;
    for (int i = 0; i < courseList.length; i++) {
        if (code.equals(courseList[i])) {  // equals instead of == to compare strings
            check = true;
            break; // you have to break loop if it is true because else statement before returned false even if there was the same course code due to null values in next array elements which was not filled yet
        }

    }
    return check;
}

public static double gradeValue(double marks) {
    double grade = 1.0;
    if (marks >= 95) {
        grade = 5.0;
    } else if (marks >= 90) {
        grade = 4.75;
    } else if (marks >= 85) {
        grade = 4.5;
    } else if (marks >= 80) {
        grade = 4.0;
    } else if (marks >= 75) {
        grade = 3.5;
    } else if (marks >= 70) {
        grade = 3.0;
    } else if (marks >= 65) {
        grade = 2.5;
    } else if (marks >= 60) {
        grade = 2;
    } else if (marks < 60) {
        grade = 1;
    }
    return grade;
}

public static void main(String[] args) {
    Scanner input = new Scanner(System.in);
    System.out.print("Enter number of courses: ");
    int n = input.nextInt();
    String[] Courses = new String[n];
    int sumOfcreadit = 0;
    int sumOfmarks = 0;

    for (int i = 0; i < Courses.length; i++) {
        System.out.print("Enter a course code: ");
        String code = input.next();
        if (checkCourse(Courses, code)){
            System.out.println("the course already regestered ");
            i--;
            continue; // continue is neccessary to let user write value again if it already exists
        }
        Courses[i] = code;
        System.out.print("Enter a credit: ");
        int credit = input.nextInt();
        System.out.print(" Enter a marks: ");
        int marks = input.nextInt();

        sumOfcreadit += credit;
        sumOfmarks += marks * credit;

    }
    double TotalMarks;
    TotalMarks = sumOfmarks / sumOfcreadit;

    System.out.println("The GPA is: " + gradeValue(TotalMarks));

}