Как захватить вывод install.packages в R с помощью мойки()?

Я хотел бы зафиксировать все выходные данные и ошибки при установке пакетов. Однако шаги по установке пакета, похоже, не фиксируются командой sink(). Вот пример:

Файл main.R:

fp <- file("test.log", open = 'wt')
sink(fp, type = 'output')
sink(fp, type = 'message')
install.packages("stringr")
sink(type = 'message')
sink()

Используя R -q -f main.R для запуска файла, я вижу в консоли следующее:

-> % R -q -f main.R
> fp <- file("test.log", open = 'wt')
> sink(fp, type = 'output')
> sink(fp, type = 'message')
> install.packages("stringr")
* installing *source* package ‘stringr’ ...
** package ‘stringr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
*** copying figures
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (stringr)
> sink(type = 'message')
> sink()
>

Содержимое test.log:

Installing package into ‘/home/bam/.local/share/R/R_library/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/stringr_1.5.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 176599 bytes (172 KB)
==================================================
downloaded 172 KB


The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmpp0Vylj/downloaded_packages’

Почему в файл журнала не добавляются звездочки (*) перед строками консоли?

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
6
0
105
2
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 2

Ответ принят как подходящий

Вы можете использовать keep.outputs

install.packages("stringr", keep.outputs=TRUE)

от помощи

если это правда, не допускайте установки выходов исходные пакеты в текущем рабочем каталоге с имена выходных файлов, имена пакетов с добавлением «.out»…

Обратите внимание: вместо TRUE может быть строка символов каталога, в котором будет сохранен вывод.


Кроме того, есть несколько предупреждений и замечаний относительно использования sink, например

Приемку потока сообщений следует выполнять с большой осторожностью.

и

Не сливайте поток сообщений, если не понимаете источник код, реализующий это...

Открытие и закрытие соединений может быть сложным и чреват ошибками, а также могут быть подводные камни и особенности операционной системы и т. д.

Хотя Андре В. дал вам решение вашей проблемы, он не ответил на конкретный вопрос. Я считаю, что ответ связан с этой строкой в ​​?sink:

На консоли продолжают появляться только подсказки и (большинство) сообщений.

Это означает, что install.packages отправляет сообщения через какой-то другой механизм, отличный от stdout.

Другие вопросы по теме