Как заменить определенное значение в одной таблице data.table значениями другой таблицы data.table той же размерности

Это должно сработать, простой подход:

  for (i in 1:nrow(dt1)){
    for (j in 1:ncol(dt1)){
    if (dt1[i,j] == -99) dt1[i,j] = dt2[i,j]
    }
    }

Вы можете сделать следующее:

dt3 <- as.data.frame(dt1)
dt2 <- as.data.frame(dt2)
dt3[dt3 == -99] <- dt2[dt3 == -99]
dt3

#   id a b c
# 1  1 2 5 2
# 2  3 1 3 2
# 3  2 3 3 4
# 4  2 2 2 2
# 5  3 3 5 5

Если все ваши данные одного типа (как в вашем примере), то преобразование их в matrix будет намного быстрее и прозрачнее:

dt1a <- as.matrix(dt1)  ## convert to matrix
dt2a <- as.matrix(dt2)

# make a matrix of the same shape to access the right entries
missing_idx <- dt1a == -99  
dt1a[missing_idx] <- dt2a[missing_idx]  ## replace by reference

Это векторизованная операция, поэтому она должна быть быстрой.

Примечание: Если вы это сделаете, убедитесь, что два источника данных точно совпадают по форме и порядку строк / столбцов. Если они этого не делают, вам нужно присоединиться с помощью соответствующих ключей и выбрать правильные столбцы.

Обновлено: Преобразование в матрицу может быть ненужным. См. Ответ kath для более краткого решения.

Этот простой трюк сработает эффективно.

dt1<-as.matrix(dt1)
dt2<-as.matrix(dt2)

index.replace = dt1==-99
dt1[index.replace] = dt2[index.replace]

as.data.table(dt1)
as.data.table(dt2)

Простым способом может быть использование функции setDF для преобразования в data.frame и использование методов подустановки фрейма данных. В конце восстановите на data.table.

#Change to data.frmae
setDF(dt1)
setDF(dt2)

# Perform assignment 
dt1[dt1==-99] = dt2[dt1==-99]

# Restore back to data.table    
setDT(dt1)
setDT(dt2)

dt1
#   id a b c
# 1  1 2 5 2
# 2  3 1 3 2
# 3  2 3 3 4
# 4  2 2 2 2
# 5  3 3 5 5