Как заменить символы подчеркивания пробелами в легенде ggplot2?

rename_all используется для изменения имен столбцов функции. После того, как вы melt фрейм данных, переменные больше не являются именами столбцов, а являются значениями variable столбца.

Таким образом, либо вы можете использовать rename_all до шага melt, либо вы можете заменить значения в операторе mutate после плавления фрейма данных.

library(dplyr)
library(ggplot2)

pcm %>%
  mutate(variable = gsub("_", " ", variable)) %>%
  ggplot(aes(x = Sample, fill = variable, y = value)) + 
  geom_bar(stat = "identity", colour = "black") + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size = 14, 
          colour = "black", vjust = 0.5, hjust = 1, face= "bold"), 
        axis.title.y = element_text(size = 16, face = "bold"), 
          legend.title = element_text(size = 16, face = "bold"), 
        legend.text = element_text(size = 12, face = "bold", colour = "black"), 
        axis.text.y = element_text(colour = "black", size = 12, face = "bold")) +
  scale_y_continuous(expand = c(0,0)) + 
  labs(x = "", y = "Relative Abundance (%)", fill = "Taxon") + 
  scale_fill_viridis_d(option = "plasma")

Второй вариант для достижения желаемого результата — передать функцию в аргумент labels шкалы, которая заменяет символы подчеркивания пробелом, то есть labels = ~ gsub("_", " ", .x):

library(ggplot2)
library(reshape2)

pcm <- melt(pc, id = c("Sample"))
pcm$Sample <- factor(pcm$Sample, levels = unique(pcm$Sample))

ggplot(pcm, aes(x = Sample, fill = variable, y = value)) +
  geom_bar(stat = "identity", colour = "black") +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, size = 14, colour = "black", vjust = 0.5, hjust = 1, face = "bold"),
    axis.title.y = element_text(size = 16, face = "bold"), legend.title = element_text(size = 16, face = "bold"),
    legend.text = element_text(size = 12, face = "bold", colour = "black"),
    axis.text.y = element_text(colour = "black", size = 12, face = "bold")
  ) +
  scale_y_continuous(expand = c(0, 0)) +
  labs(x = "", y = "Relative Abundance (%)", fill = "Taxon") +
  scale_fill_viridis_d(option = "plasma", labels = ~ gsub("_", " ", .x))

ДАННЫЕ

pc <- structure(list(
  Sample = c("BW1", "BW2"), Woeseia = c(
    1.73959,
    0.424628
  ), Candidatus_Nitrosopumilus = c(0.474433, 0.679406),
  Nitrospira = c(0L, 0L), Nitrospina = c(1.15973, 0), Pseudahrensia = c(
    0L,
    0L
  ), AqS1 = c(0L, 0L), Salinicola = c(3.32103, 9.95754),
  Pir4_lineage = c(0L, 0L), Subgroup_10 = c(0, 0.191083), BD1.7_clade = c(
    0L,
    0L
  ), Sva0996_marine_group = c(0, 1.18896), Anoxybacillus = c(
    8.69794,
    0
  ), Others = c(27.464423, 35.7749522), Unclassified = c(
    57.1429,
    51.7834
  )
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -2L))