Какие символы запрещены в команде для псевдонима git?

\d не является допустимой escape-последовательностью. Вы хотите, чтобы ваш псевдоним содержал обратную косую черту, за которой следует буква d, поэтому вам следует избегать самой обратной косой черты. Следующие работы:

related = "!perl -e '$branch = qx[git rev-parse --abbrev-ref HEAD]; ($issue) = $branch =~ m[^(\\d+)]; print $issue;'"

Или позвольте Git позаботиться об экранировании значений вашего псевдонима, не редактируя файл .gitconfig вручную, а выполнив команду git config:

git config --global alias.related '!perl -e '\''$branch = qx[git rev-parse --abbrev-ref HEAD]; ($issue) = $branch =~ m[^(\d+)]; print $issue;'\'

(это создаст ту же строку конфигурации, что и показанная выше)