Кавычки и пробелы в команде знака, указанные в командной строке компилятора Inno Setup iscc

Весь параметр /S... с командной строкой signtool должен быть заключен в двойные кавычки. А внутренние кавычки нужно экранировать как $q:

iscc "C:\Inno Setup Scripts\test.iss" "/Ssigntool=$qC:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\bin\10.0.22621.0\x64\signtool$q sign /f $qC:\Test PFX\test.pfx$q /tr http://timestamp.sectigo.com /td sha256 /fd sha256 /a /p codeSigningPassword $f"

Синтаксис командной строки, который вы пытаетесь использовать, подразумевает, что ваш файл .iss должен содержать соответствующую директиву SignTool:

[Setup]
SignTool=signtool
SignedUninstaller=yes

См. https://jrsoftware.org/ishelp/index.php?topic=setup_signtool

Альтернативы:

• Определите командную строку signtool в файле .iss, используя директиву SignTool;
• Оберните командную строку signtool в пакетный файл и используйте путь к командному файлу в командной строке iscc.