Контейнер Docker, извлеченный с помощью сингулярности 2.5.2, работает с 3.1.1 exec, но не работает, если я использую 3.1.1

Если я вытащу образ докера с сингулярностью 2.5.2, он отлично работает с исполняемым файлом 3.1.1:

$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_2.5.2.simg samtools view

Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]
...

Если я затем вытащу тот же образ с 3.1.1 и попытаюсь запустить его, у меня возникнут проблемы с загрузкой общих библиотек, которые используются внутри контейнера (а не самой сингулярностью, как в # 3027):

$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg samtools view
samtools: error while loading shared libraries: libhts.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

В контейнере с 3.1.1 я проверил файлы, указанные как проблемные:

$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg ls -l /opt/wtsi-cgp/lib/
total 8613
-rwxr-xr-x  1 root root  415532 Apr 16 10:33 libBigWig.a
-rwxr-xr-x  1 root root  240712 Apr 16 10:33 libBigWig.so
-rw-r--r--  1 root root 4950682 Apr 16 10:33 libhts.a
lrwxrwxrwx  1 root root      13 Apr 16 10:33 libhts.so -> libhts.so.1.9
-rw-r--r--  1 root root 3211128 Apr 16 10:33 libhts.so.1.9
lrwxrwxrwx  1 root root      13 Apr 16 10:33 libhts.so.2 -> libhts.so.1.9
drwxrwxr-x 63 root root    1186 Apr 16 07:31 perl5
drwxr-xr-x  2 root root      32 Apr 15 08:08 pkgconfig

Это точное совпадение с той же папкой при извлечении с 2.5.2.

Я ожидаю, что образ, полученный с помощью 3.1.1 и выполненный с помощью 3.1.1, будет работать лучше, чем образ, полученный с помощью 2.5.2.

Связанный Проблема с GitHub

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
1
0
82
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Это было отмечено разработчиками Singularity как регресс. Хотя это еще не решено, это подтверждает, что это не ошибка использования.

Другие вопросы по теме