Если я вытащу образ докера с сингулярностью 2.5.2, он отлично работает с исполняемым файлом 3.1.1:
$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_2.5.2.simg samtools view
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]
...
Если я затем вытащу тот же образ с 3.1.1 и попытаюсь запустить его, у меня возникнут проблемы с загрузкой общих библиотек, которые используются внутри контейнера (а не самой сингулярностью, как в # 3027):
$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg samtools view
samtools: error while loading shared libraries: libhts.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
В контейнере с 3.1.1 я проверил файлы, указанные как проблемные:
$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg ls -l /opt/wtsi-cgp/lib/
total 8613
-rwxr-xr-x 1 root root 415532 Apr 16 10:33 libBigWig.a
-rwxr-xr-x 1 root root 240712 Apr 16 10:33 libBigWig.so
-rw-r--r-- 1 root root 4950682 Apr 16 10:33 libhts.a
lrwxrwxrwx 1 root root 13 Apr 16 10:33 libhts.so -> libhts.so.1.9
-rw-r--r-- 1 root root 3211128 Apr 16 10:33 libhts.so.1.9
lrwxrwxrwx 1 root root 13 Apr 16 10:33 libhts.so.2 -> libhts.so.1.9
drwxrwxr-x 63 root root 1186 Apr 16 07:31 perl5
drwxr-xr-x 2 root root 32 Apr 15 08:08 pkgconfig
Это точное совпадение с той же папкой при извлечении с 2.5.2.
Я ожидаю, что образ, полученный с помощью 3.1.1 и выполненный с помощью 3.1.1, будет работать лучше, чем образ, полученный с помощью 2.5.2.
Связанный Проблема с GitHub
Это было отмечено разработчиками Singularity как регресс. Хотя это еще не решено, это подтверждает, что это не ошибка использования.