Контейнеризация среды conda в контейнере Singularity

Я столкнулся с несколькими случаями, когда было бы очень полезно контейнеризировать среду conda для долгосрочной воспроизводимости. Поскольку я обычно использую высокопроизводительные вычислительные системы, они должны быть контейнерами Singularity по соображениям безопасности. Как это может быть сделано?

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
11
0
8 118
3
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 3

Ответ принят как подходящий

Во-первых, вам нужно получить среду YML для вашей конкретной среды conda.

conda activate your_env
conda env export > environment.yml

Вот пример рецепта Singularity (в файле с именем «Singularity» в том же каталоге, что и «environment.yml»):

Bootstrap: docker

From: continuumio/miniconda3

%files
    environment.yml

%post
    /opt/conda/bin/conda env create -f environment.yml

%runscript
    exec /opt/conda/envs/$(head -n 1 environment.yml | cut -f 2 -d ' ')/bin/"$@"

Постройте это с

sudo singularity build conda.sif Singularity

Теперь у вас будет работающий контейнер с библиотеками из вашей среды conda, который можно запускать везде, где установлена ​​Singularity!

Пример:

singularity run conda.sif ipython

Примечания:

В зависимости от версии Singularity, которую вы используете, вам может понадобиться изменить $(head -n 1 environment.yml | cut -f 2 -d ' ') на имя вашей среды.

Поскольку вы не можете активировать среду из runscript, вы будете ограничены двоичными файлами, установленными в вашей конкретной среде с предоставленным runscript.

Пробовал и после "прогона" получаю вот такую ​​ошибку: singularity run conda.simg conda -hhead: cannot open 'env.yaml' for reading: No such file or directory

Andrea T. 19.12.2019 18:08

@АндреаТ. Проблема в том, что команда echo "source enable $(...)" > ~/.bashrc не выполняется должным образом. Вы можете жестко закодировать результат команды head/cut и повторить попытку.

compBio 19.12.2019 21:15

@compBio Спасибо, это работает прилично, если у меня есть root-доступ. Любая идея, есть ли обходной путь, если я только локальный пользователь?

ATpoint 17.04.2021 14:49

@ATpoint Singularity имеет функцию «fakeroot», которая может решить вашу проблему. Хотя, я не настолько знаком с этим. Бывший. 'singularity build --fakeroot /tmp/test.sif /tmp/test.def'

compBio 19.04.2021 15:06

Я нашел это полезным, потому что вы можете установить контейнер с установленной средой anaconda3 и легко создавать новые среды для своих различных проектов, когда захотите.

Это просто, и я расскажу об этом шаг за шагом:

  1. Создайте контейнер на своем локальном компьютере с помощью следующего файла определения (вы можете назвать его как хотите. Обратите внимание, что некоторых строк можно избежать):

    Bootstrap: library
    From: ubuntu:18.04
    Stage: build
    
    %post
    
    apt-get update && apt-get -y upgrade
    apt-get -y install \
    build-essential \
    wget \
    bzip2 \
    ca-certificates \
    libglib2.0-0 \
    libxext6 \
    libsm6 \
    libxrender1 \
    git
    rm -rf /var/lib/apt/lists/*
    apt-get clean
    #Installing Anaconda 3 
    wget -c https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh
    /bin/bash Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh -bfp /usr/local
    #Conda configuration of channels from .condarc file
    conda config --file /.condarc --add channels defaults
    conda config --file /.condarc --add channels conda-forge
    conda update conda
    #List installed environments
    conda list
    
  2. Затем для сборки контейнера выполните следующие команды:

    sudo singularity build ContainerName.sif YourDefineFile.def
    
  3. Теперь вы можете создать свой conda env (вы можете использовать обычные способы или создать его с помощью файла YML, который является экспортированным файлом из существующей среды)

    Например, я сделал это с файлом YML: Во-первых, вам нужно попасть в ваш контейнер .sif следующим образом:

     Singularity shell YourContainerName.sif 
    

    А потом:

     conda env create --name envname --file=YourEnvironments.yml
    
  4. Следовательно, после того, как ваш env создан, вы можете активировать его с помощью следующих команд (опять же, сначала вам нужно перейти в свой контейнер):

    singularity shell YourContainer.Sif
    
    source activate YourEnvName
    

Используя conda-pack, можно контейнеризовать существующие среды conda, не создавая их заново из environment.yml. Это особенно полезно, когда среда больше не разрешается или когда пакеты были установлены в среду без conda, например. с помощью Rinstall.packages.

  1. упаковать окружающую среду

    conda-pack -n <MY_ENV> -o packed_environment.tar.gz
    
  2. создайте этот Singularity файл

    
    Bootstrap: docker
    
    From: continuumio/miniconda3
    
    %files
        packed_environment.tar.gz /packed_environment.tar.gz
    
    %post
        tar xvzf /packed_environment.tar.gz -C /opt/conda
        conda-unpack
        rm /packed_environment.tar.gz
    
  3. создать образ

    singularity build --fakeroot <OUTPUT_CONTAINER.sif> Singularity
    

Для получения более подробной информации, включая вариант Docker/Podman, посетите мой репозиторий grst/containerize-conda.

Ограничения: Этот подход, вероятно, работает только в том случае, если исходная среда находится на машине Linux x64.

Другие вопросы по теме