Контейнеры Singularity: добавление пользовательских пакетов в $PATH и передача их в singleity exec

Я занимаюсь созданием контейнера сингулярности с PLINK v 1.9 (программное обеспечение для генетики, а не интерфейс PuTTY, https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/dev) внутри него. Я могу успешно скомпилировать программное обеспечение в контейнере, и я могу видеть файлы и функции PLINK, когда я вставляю контейнер. Чтобы облегчить жизнь моим конечным пользователям, я пытаюсь добавить основную папку программного обеспечения в сингулярность $PATH, чтобы они могли просто вызывать plink из командной строки, но я не могу этого добиться.

До сих пор я пробовал:

  1. Назначение SINGULARITYENV_APPEND_PATH=path/to/plink в разделе %runscript моего файла рецепта сингулярности.
  2. Перемещение папки с исходным кодом для Plink в /usr/local/bin Singularity
  3. Установка переменной PLINKDIR=/path/to/plink и ее экспорт в разделе %environment моего файла рецепта аналогично тому, что они сделали здесь.

Ни один из этих методов не работает. Единственный способ получить доступ к этому пакету — указать полный путь в моей команде exec сингулярности.

singularity exec test.simg /path/to/plink/plink --version 

Я хотел бы просто бежать

singularity exec test.simg plink --version 

Содержимое моего файла рецепта сингулярности:

    BootStrap: docker
    From: ubuntu:16.04

    %labels
  Plink Version 1.9


%runscript
  # Allows us to run the versions of the packages installed in the post
  # section
  exec plink19 "$@"

%environment
  export SINGULARITYENV_PLINKDIR = "/plink-ng-b15c19f/1.9/"

%post
  # Make some directories for storage
  mkdir /new_folder_1 /new_folder_2
  apt-get update
  apt-get -y upgrade

  apt-get install -y --no-install-recommends \
        software-properties-common \
        build-essential \
        apt-transport-https \
        curl \
        git \
        wget \
        libfreetype6-dev \
        pkg-config \
        python \
        python-dev \
        dh-autoreconf \
        libarchive-dev \
        libatlas-dev \
        libatlas-base-dev \
        zlib1g-dev


  # Install PLINK
  wget https://github.com/chrchang/plink-ng/archive/b15c19f.tar.gz
  tar xvf b15c19f.tar.gz
  cd /plink-ng-b15c19f/1.9/
  ./plink_first_compile
  ln -s plink plink19

%test 
  echo $PLINKDIR

Оператор echo ничего не выводит. Как добавить подобные пользовательские пакеты (то есть не установленные с помощью apt-get) в среду сингулярности, чтобы их можно было вызывать из командной строки с помощью сингулярности exec? Любая помощь будет оценена по достоинству!

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
2
0
1 485
2
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 2

Ответ принят как подходящий

Вы должны иметь возможность просто добавить его на свой путь:

%environment
    PATH=$PATH:/path/to/plink/

Также отредактируйте свой runscript:

%runscript
    exec "$@"

Затем вы можете запустить:

singularity run test.simg plink --version

В первой части вашего сообщения упоминается «чтобы они могли просто вызвать plink из командной строки, но я не могу этого добиться». В таком случае, почему бы просто не:

apt-get install -y plink1.9

В вашем файле определения?

И в моем случае, если я попытаюсь singularity exec imgfile.sif plink --version, это явно не сработает, так как вы должны вызвать plink1.9 так: singularity exec imagfile.sif plink1.9 --version.

Другие вопросы по теме