Я полностью понимаю, что это невероятно специфическая ситуация, которую лучше было бы адресовать моим системным администраторам, а не StackOverflow, но я все равно решил попробовать.

Я работаю в высокопроизводительной вычислительной среде (OpenHPC), в которой у меня нет root-доступа. Кроме того, системные администраторы делают некоторые пакеты программного обеспечения доступными по всему миру через пакет LMOD. Для пакетов программного обеспечения, которые еще не установлены предварительно, рекомендуется устанавливать пакеты через conda или собирать их из исходного кода.

Я пытаюсь установить пакет R clarabel. На данный момент я установил Rust и Cargo, используя инструкции здесь, и попытался install.packages("clarabel") в среде Conda.

Первоначально это вернуло ошибку, содержащую

/usr/bin/ld: cannot find -lblas
/usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran

Простое использование module load gnu12/12.2.0 исправлено cannot find -lgfortran, но следующая проблема с blas и lapack сохраняется даже после запуска module load openblas/0.3.21:

error: linking with `cc` failed: exit status: 1
  |
  = note: LC_ALL = "C" PATH = "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/bin:/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/.cargo/bin:/<sysname>/home/<uname>/.conda/envs/test-env/bin:/<sysname>/software/spack/linux-almalinux9-cascadelake/gcc-11.4.1/openmpi-4.1.6-un62tcwp7nzszg3ezp7cum7yfufdprrc/bin:/opt/ohpc/pub/mpi/libfabric/1.18.0/bin:/opt/ohpc/pub/mpi/ucx-ohpc/1.15.0/bin:/opt/ohpc/pub/libs/hwloc/bin:/opt/ohpc/pub/compiler/gcc/12.2.0/bin:/<sysname>/software/utils/miniconda3/condabin:/<sysname>/home/<uname>/.cargo/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/<sysname>/home/<uname>/.local/bin:/<sysname>/home/<uname>/bin:/<sysname>/home/<uname>/.cargo/bin" VSLANG = "1033" "cc" "-Wl,--version-script=/tmp/rustccOUIAd/list" "-Wl,--no-undefined-version" "-m64" "/tmp/rustccOUIAd/symbols.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.00.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.01.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.02.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.03.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.04.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.05.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.06.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.07.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.08.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.09.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.10.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.11.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.12.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.13.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.14.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.clarabel.16fbe4446bc2150f-cgu.15.rcgu.o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/clarabel-92696915beeca31e.18c40nrhdgx63nm9.rcgu.o" "-Wl,--as-needed" "-L" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps" "-L" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib" "-Wl,-Bstatic" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libindexmap-a1870293f17fe811.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libequivalent-13c4f6694b43752a.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libhashbrown-ee45ab3aaf8cbcfb.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libserde_json-742f6f4c6c3e851d.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libitoa-660c93c0233b413a.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libryu-ea35bc21b3a1860f.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libamd-118b2cf4ec891faa.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libblas-d57adeeca52efda7.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libblas_sys-b44f50ded7d7f210.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/liblapack-8ad229381301a14a.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libnum_complex-2841f00af8b703ee.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/liblapack_sys-44be8b0329b78d26.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/liblibc-799eff0394aa6d50.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/liblapack_src-2ccfa321d47d7bdf.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libblas_src-95093de9de072d9b.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libr_src-1aa13c7ad7e0fe1b.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libcfg_if-114d8cc2aed33208.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/liblazy_static-89f61e42525efa42.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libderive_builder-6a575a43a528ce4a.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libserde-293da9773986da66.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libitertools-cfd01c76e19a056c.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libeither-ec1734cb47f0bd2a.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libnum_traits-294e66ee00715eb2.rlib" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libthiserror-6f6728d6b3509612.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libstd-d5189b81a4fa4d36.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libpanic_abort-005b27ec5a56507a.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libobject-c88c426dd6780435.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libmemchr-e74540b31113a555.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libaddr2line-8751b61bd13c15cf.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libgimli-a8b99dba9f449259.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/librustc_demangle-f0068d76172a0372.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libstd_detect-c16dfaf47799564e.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libhashbrown-bfa26dd63e299db5.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/librustc_std_workspace_alloc-75a2330a693e738f.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libminiz_oxide-76779dce1f7ab63d.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libadler-01c5cc588623cb35.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libunwind-07bb9745ec737292.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libcfg_if-6eacdcc91004cefb.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/liblibc-ae2488b58226c836.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/liballoc-52acaddcaaba04c6.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/librustc_std_workspace_core-326b78eac9ecd050.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libcore-307ebf19f0f13d30.rlib" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib/libcompiler_builtins-d9076ee5964191bf.rlib" "-Wl,-Bdynamic" "-lblas" "-llapack" "-lgfortran" "-lm" "-lgomp" "-lquadmath" "-lpthread" "-lgcc_s" "-lutil" "-lrt" "-lpthread" "-lm" "-ldl" "-lc" "-Wl,--eh-frame-hdr" "-Wl,-z,noexecstack" "-L" "/<sysname>/home/<uname>/.rustup/toolchains/stable-x86_64-unknown-linux-gnu/lib/rustlib/x86_64-unknown-linux-gnu/lib" "-o" "/tmp/RtmpxuuYQp/R.INSTALL845641d0a9cc/clarabel/src/rust/target/release/deps/libclarabel-92696915beeca31e.so" "-Wl,--gc-sections" "-shared" "-Wl,-z,relro,-z,now" "-Wl,-O1" "-Wl,--strip-debug" "-nodefaultlibs"
  = note: /usr/bin/ld: cannot find -lblas
          /usr/bin/ld: cannot find -llapack
          collect2: error: ld returned 1 exit status
          

error: could not compile `clarabel` (lib) due to 1 previous error

Я вижу, что каталог <sysname>/home/<uname>/.conda/envs/<env-name>/lib содержит следующие файлы:

• libopenblasp-r0.3.21.so
• libopenblas.so
• libopenblas.so.0
• libblas.so
• liblapack.so

где нижние 4 файла являются символическими ссылками на первый.

Я попробовал export "LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:<sysname>/home/<uname>/.conda/envs/<env-name>/lib", но ошибка выше осталась. Буду очень признателен за вашу помощь!

Редактировать 1

Я исправил ошибку, добавив следующие две строки в ~/.bashrc:

export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/hb/home/epawl/.conda/envs/test-env/lib/
export CPATH=$CPATH:/hb/home/epawl/.conda/envs/test-env/include

Но теперь у меня новая ошибка. Вышеуказанная -lblas -llapack ошибка произошла при компиляции clarabel. Теперь, когда clarabel успешно компилируется, остальная часть журнала выглядит следующим образом:

Finished `release` profile [optimized] target(s) in 2m 33s
rm -Rf /tmp/RtmpN2SScY/R.INSTALL8cafd3612e47c/clarabel/src/rust/.cargo
rm -Rf ./rust/vendor
rm -Rf /tmp/RtmpN2SScY/R.INSTALL8cafd3612e47c/clarabel/src/rust/target/release/build
x86_64-conda-linux-gnu-cc -shared -L/hb/home/epawl/.conda/envs/test-env/lib/R/lib -L/hb/home/epawl/.conda/envs/test-env/lib -o clarabel.so init.o -L/hb/home/epawl/.conda/envs/test-env/lib -lblas -llapack -L/hb/home/epawl/.conda/envs/test-env/lib/R/lib -lR
installing to /hb/home/epawl/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.3/00LOCK-clarabel/00new/clarabel/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
*** copying figures
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘clarabel’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/hb/home/epawl/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.3/00LOCK-clarabel/00new/clarabel/libs/clarabel.so':
  /hb/home/epawl/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.3/00LOCK-clarabel/00new/clarabel/libs/clarabel.so: undefined symbol: savvy_clarabel_solve__ffi
Error: loading failed

Я подумал, что смогу это исправить, добавив к .bashrc строку

export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/hb/home/epawl/.conda/envs/test-env/lib/
export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/hb/home/epawl/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.3/00LOCK-clarabel/00new/clarabel/libs
export CPATH=$CPATH:/hb/home/epawl/.conda/envs/test-env/include

но это ничего не меняет. conda install -c conda-forge openblas lapack тоже не помогает.

Редактировать 2: приведенный выше фрагмент кода является опечаткой; Я имел в виду conda install -c conda-forge blas lapack, хотя я тоже пробовал conda install -c conda-forge openblas openblas-devel и это тоже не работает.