Лучший способ найти дубликат определенного файла или определенного набора файлов

Вы можете фильтровать группы по интересующему вас содержимому.

Предполагая fdupes выходной формат строки на файл плюс пустая строка для разделения групп, если вас интересует файл, отфильтруйте группы, которые содержат имя файла в виде строки. Например с awk:

fdupes file dir |\
awk -v F=file '
    BEGIN { FS = "\n"; RS = "\n\n" }
    {
        for (i=NF; i; i--)
            if ($i==F) {
                printf("%s%s", x++?RS:"", $0)
                break
            }
    }
'

Если вас интересует каталог, отфильтруйте группы, содержащие строки, начинающиеся с этого каталога. Например, снова с «awk»:

fdupes dir1 dir2 |\
awk -v D=dir1/ '
    BEGIN { FS = "\n"; RS = "\n\n" }
    {
        for (i=NF; i; i--)
            if (index($i,D)==1) {
                printf("%s%s, x++?RS:"", $0
                break
            }
    }