Лучший способ переименовать ключи в PHP, чем array_combine?

array_combine не нужно. Простого foreach должно быть достаточно.

    $old = array(
        'a'=>1,
        'b'=>2
    );

    $new = array();

    foreach ($old as $key => $value) {
        $new['prefix.' . $key] = $value;
    }

    var_dump($new);

выход:

array(2) {
  ["prefix.a"]=>
  int(1)
  ["prefix.b"]=>
  int(2)
}

редактировать; На ваш вопрос уже был дан ответ здесь, включая тесты для различных подходов.

Вам просто нужно зациклить его с помощью $key и $value

$a = array('a'=>1,'b'=>2);
echo'<pre>';print_r($a);
$b=array();
foreach($a as $key => $value){
    $b['prefix.'.$key] = $value;
}
echo'<pre>';print_r($b);die;

Выход:

$a:
Array
(
    [a] => 1
    [b] => 2
)
$b :
Array
(
    [prefix.a] => 1
    [prefix.b] => 2
)