Мангуст сохраняет внутренние документы, создавая документ, содержащий документ

Вы должны определить Product своего category как атрибут ref:

// Product.js
const categorySchema = mongoose.Schema(
    { name: String },
    { collection: 'categories' }
  );
const productSchema = mongoose.Schema(
    {
      name: String,
      category: { type: mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'categories' },
    },
    { collection: 'products' }
  );
modules.exports = {
    Category: mongoose.model('Category', categorySchema),
    Product: mongoose.model('Product', productSchema),
}

Для этого вам нужно будет присвоить _id категории новому Product:

const { Category } = require("./Product.js")
const { Product } = require("./Product.js")
// Create category (supposing it is not present)
const category = new Category({ name: "Sports" })
await category.save()
// Add category _id to product
const product = new Product({name: 'Soccer Ball', category: category._id})
await product.save()

Наконец, вы сможете получить продукт, используя populate:

const product = await Product.findById(<product_id>).populate('categories').exec()

Этот запрос должен дать тот же результат, что и раньше, но данные Category будут загружены из ссылки в коллекции Category.