Маркировка боковых столиков из латекса

Вы можете включить метки в заголовки, это позволит вам \ref каждую из таблиц отдельно позже в документе.

\documentclass{article} 

\begin{document}

\begin{table}[ht]
    \parbox{.40\linewidth}{
        \centering
        \begin{tabular}{|l|l|l|}
            \hline
            person id & seq id & feature vector$_1$  \\\hline
            1 & 1 & 1 \\
            1 & 2 & 1 \\ \hline
            1 & 1 & 1 \\ \hline
            1 & 1 & 1 \\ \hline

        \end{tabular}
        \caption{HRV Dataset \label{HRVtable}}
    }
    \hfill
    \parbox{.45\linewidth}{
        \centering
        \begin{tabular}{|l|l|l|l|}
            \hline
            person id & seq id & feature vector$_1$ & feature vector$_2$ \\\hline

            1 & 1 &1 &1  \\
            1 & 2 & 1&1 \\ \hline
            1 & 1 &1 &1\\ \hline
            1 & 1 & 1 &1 \\ \hline
        \end{tabular}
        \caption{BAC Dataset \label{BACtable}}}
\end{table}

HRV data in Table \ref{HRVtable} and BAC data in Table \ref{BACtable}.

\end{document}

У вас не должно возникнуть проблем при добавлении \label либо внутри \caption, либо сразу после него в той же конструкции (например, \parbox или minipage - см. Ниже). Еще я добавил пиццу booktabs ...

\documentclass{article}

\usepackage{booktabs,makecell}

\begin{document}

\begin{table}
  \begin{minipage}{.5\linewidth}
    \centering
    \begin{tabular}{ *{3}{c} }
      \toprule
      \makecell{person \\ id} & \makecell{seq \\ id} & \makecell{feature \\ vector$_1$} \\
      \midrule
      1 & 1 & 1 \\
      1 & 2 & 1 \\
      1 & 1 & 1 \\
      1 & 1 & 1 \\
      \bottomrule
    \end{tabular}
    \caption{HRV Dataset}\label{tab:first}
  \end{minipage}%
  \begin{minipage}{.5\linewidth}
    \centering
    \begin{tabular}{ *{4}{c} }
      \toprule
      \makecell{person \\ id} & \makecell{seq \\ id} & \makecell{feature \\ vector$_1$} & \makecell{feature \\ vector$_2$} \\
      \midrule
      1 & 1 & 1 & 4 \\
      1 & 2 & 1 & 3 \\
      1 & 1 & 1 & 2 \\
      1 & 1 & 1 & 1 \\
      \bottomrule
    \end{tabular}
    \caption{BAC Dataset}\label{tab:second}
  \end{minipage}
\end{table}

See Table~\ref{tab:first} and Table~\ref{tab:second}\ldots

\end{document}