Маркировка конкретного кластера в K-средних в R

Вы можете сделать метки пустыми для cluster, что не равно 3. Возможно, вам придется отрегулировать положение меток на основе ваших фактических данных.

library(dplyr)
library(ggplot2)

iris %>%
  mutate(cluster = irisCluster$cluster, 
         label = replace(Petal.Length, cluster != 3, '')) %>%
  ggplot() + aes(Petal.Length, Petal.Width, color = cluster, label = label) + 
  geom_point() + geom_text(vjust = -0.5, hjust = -0.4)

Ваш вопрос несколько неоднозначен, но если вы хотите выделить точки в определенном кластере, вы можете использовать пакет gghighlight, например.

library(datasets)
library(ggplot2)
#install.packages("gghighlight")
library(gghighlight)

set.seed(20)
irisCluster <- kmeans(iris[, 3:4], 3, nstart = 20)
irisCluster

table(irisCluster$cluster, iris$Species)

iris$cluster <- as.factor(irisCluster$cluster)
  ggplot(iris, aes(Petal.Length, Petal.Width, color = factor(cluster))) +
    geom_point() +
  gghighlight(cluster == 3, keep_scales = TRUE)