Метод разделения JavaScript удаляет первые 2 раздела

Можно заменить первую часть.

var string = "GA1.2.721553813.2630350365",
    result = string.replace(/^([^.]+\.){2}/, '');

console.info(result);

Вы также можете использовать .slice

var string = "GA1.2.721553813.2630350365";

var split = string.split('.').slice(2).join('.');

console.info(split);

Вы можете взять все результаты разделения после второго и соединить их обратно в строку.

var string = "GA1.2.721553813.2630350365";
var split = string.split('.').slice(2).join('.');
console.info(split);

Однако здесь более простым вариантом будет регулярное выражение:

var string = "GA1.2.721553813.2630350365";
var split = string.replace(/^([^.]*[.]){2}/, '');
console.info(split);

Эта строка будет делать то, что вы хотите сделать

console.info(string.split('.').slice(2).join('.'));

Вы можете использовать Строка.прототип.матч() с регулярным выражением.

var string = "GA1.2.721553813.2630350365";

// Always assume GA1.2.
var matchesA = string.match(/GA1\.2\.(.+)/);

console.info(matchesA);
console.info(matchesA[1]);

// more generic:
// G(digit).(digit).
var matchesA = string.match(/GA\d\.\d\.(.+)/);

console.info(matchesB);
console.info(matchesB[1]);

Если вы знаете, это всегда будет "GA1.2". (я имею в виду, что длина равна 6), тогда вы можете сделать подстроку для переменной .substr(6).

Если это всегда "GA1.2." вы можете заменить («GA1.2.», «»)

Другой вариант — найти index, связанный со вторым (2-м) dot, используя Строка.indexOf(), а затем Строка.срез() строку из этого индекса.

let tests = [
  "GA1.2.721553813.2630350365",
  "LM15.299.721553813313612783",
  "GA33.1.721553813.26.3224",
];

const getCustomSubstr = (str) =>
{
    let idxOf2ndDot = str.indexOf(".", str.indexOf(".") + 1);
    return str.slice(idxOf2ndDot + 1);
};

tests.forEach(t => console.info(t + " => " + getCustomSubstr(t)));

.as-console {background-color:black !important; color:lime;}
.as-console-wrapper {max-height:100% !important; top:0;}