Минимальное значение из двух массивов для создания нового массива

Я бы сделал массив из двух элементов с заданным индексом, отфильтровал бы 0, а затем распространил бы на Math.min.

Поскольку вы хотите разрешить нули только в том случае, если все элементы в массиве равны 0, я бы выделил логику в отдельную функцию, которая возвращает [0], если все элементы равны 0, или массив отфильтрованных элементов в противном случае:

const A = [1, 3, 5, 0];
const B = [0, 2, 6, 0];

const sanitize = arr => {
  const filtered = arr.filter(n => n !== 0);
  return filtered.length ? filtered : [0];
};

const result = A.map((a, i) => Math.min(
  ...sanitize([a, B[i]])
));
console.info(result);

Вы можете проверить значение и соответствующее значение из второго массива и получить минимальное значение либо значения, либо очень большого значения.

const
    array1 = [7, 2, 1, 4, 1, 2, 1, 1, 0],
    array2 = [0, 1, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0],
    result = array1.map((v, i) => 
        (v || array2[i]) &&
        Math.min(v || Number.MAX_VALUE, array2[i] || Number.MAX_VALUE)
    );

console.info(...result);

Более краткий подход, взглянув на нулевые значения

const
    getMin = (a, b) => a === 0 && b || b === 0 && a || Math.min(a, b),
    array1 = [7, 2, 1, 4, 1, 2, 1, 1, 0],
    array2 = [0, 1, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0],
    result = array1.map((v, i) => getMin(v, array2[i]));

console.info(...result);

Конкретная ошибка, которую вы видите в выводе, связана с тем, что вы используете indexOf(). Я думаю, вы ожидаете, что indexOf(x) вернет индекс текущего итерируемого элемента, но на самом деле он возвращает первый индекс, по которому найдено эквивалентное значение. Это означает, что вы не сравниваете правильные значения.

Это список индексов, которые вы тестируете в своем примере:

array1[0] to array2[0]
array1[1] to array2[1]
array1[2] to array2[2]
array1[3] to array2[3]
array1[4] to array2[2] // mismatch
array1[5] to array2[1] // mismatch
array1[6] to array2[2] // mismatch
array1[7] to array2[2] // mismatch
array1[8] to array2[8]

(На самом деле просто удивительно, что у вас была только одна аномалия в выводе).

Если вы вместо этого используете index, переданный map(), ваш метод возвращает ожидаемый результат в этом случае.

Но, как заметила Нина в комментариях, ваша логика несимметрична и вернет разные результаты, если вы перевернете массивы. Ответ Нины обеспечивает чистое решение этой проблемы.

const array1 = [7,2,1,4,1,2,1,1,0];
const array2 = [0,1,1,0,1,2,1,0,0];

function minByIndex(a, b) {
   return a.map((x, i) => b[i] === 0 ? x : Math.min(x,b[i]));
}

// expected 
// [7, 1, 1, 4, 1, 2, 1, 1, 0]
console.info(...minByIndex(array1, array2));
// [7, 1, 1, 4, 1, 2, 1, 1, 0]

// non-symmetrical output
console.info(...minByIndex(array2, array1));
// [0, 1, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0]

Сначала вычислите min двух значений, если значение равно 0, получите max этих значений.

A = [1, 3, 5, 0, 0];
B = [0, 2, 6, 0, 1];

const res = A.map((a, i) => Math.min(a, B[i]) || Math.max(a, B[i]));

console.info(res)