Я создаю филогенетическое дерево в R, используя обезьяну, карты и фитоинструменты, и, однако, добился успеха, независимо от того, какой цвет я меняю на свой столбец, он сохраняет дерево как окраску радужной палитры.
jpeg("branch3.jpg", width = 1000, height = 1000)
plotBranchbyTrait(tree2, x.num, type = "fan",
mode = c("edges","tips","nodes"),
col = c("midnightblue", "deepskyblue", "turquoise1",
"seagreen1", "springgreen3"),
legend = TRUE, xlims = NULL, cex = 1.5, lwd = 0.5)
dev.off()
когда я использую этот код, я получаю следующее изображение:
Кто-нибудь знает, почему это может быть сделано?
Цвета, предоставленные plotBrancbyTrait
, передаются через аргумент palette
(см. руководство по функциям). Вы можете создать палитру с помощью функции colorRampPalette
. Например, в вашем случае:
## Creating a customised palette
my_palette <- colorRampPalette(c("midnightblue", "deepskyblue", "turquoise1", "seagreen1", "springgreen3"))
Затем вы можете передать его обычно функции plotBranchbyTrait
следующим образом:
## Plotting branch colors with a personalised palette
plotBranchbyTrait(tree2, x.num, type = "fan",
mode = c("edges","tips","nodes"),
palette = my_palette,
legend = TRUE, xlims = NULL, cex = 1.5, lwd = 0.5)