Мое филогенетическое дерево остается радужной палитрой, даже когда в коде указана другая цветовая схема

Я создаю филогенетическое дерево в R, используя обезьяну, карты и фитоинструменты, и, однако, добился успеха, независимо от того, какой цвет я меняю на свой столбец, он сохраняет дерево как окраску радужной палитры.

jpeg("branch3.jpg", width = 1000, height = 1000)

plotBranchbyTrait(tree2, x.num, type = "fan",
                  mode = c("edges","tips","nodes"), 
                  col = c("midnightblue", "deepskyblue", "turquoise1", 
                          "seagreen1", "springgreen3"), 
                  legend = TRUE, xlims = NULL, cex = 1.5, lwd = 0.5)

dev.off()

когда я использую этот код, я получаю следующее изображение:

Мое филогенетическое дерево остается радужной палитрой, даже когда в коде указана другая цветовая схема

Кто-нибудь знает, почему это может быть сделано?

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
1
0
99
1

Ответы 1

Цвета, предоставленные plotBrancbyTrait, передаются через аргумент palette (см. руководство по функциям). Вы можете создать палитру с помощью функции colorRampPalette. Например, в вашем случае:

## Creating a customised palette
my_palette <- colorRampPalette(c("midnightblue", "deepskyblue", "turquoise1", "seagreen1", "springgreen3"))

Затем вы можете передать его обычно функции plotBranchbyTrait следующим образом:

## Plotting branch colors with a personalised palette
plotBranchbyTrait(tree2, x.num, type = "fan",
                  mode = c("edges","tips","nodes"), 
                  palette = my_palette, 
                  legend = TRUE, xlims = NULL, cex = 1.5, lwd = 0.5)

Другие вопросы по теме