Может ли функция How() в пакете Permute поддерживать несбалансированные данные в контексте определения ограничений перестановки для vegan::adonis2()?

Я провожу исследование, сравнивающее сообщества насекомых в просветах лесного полога и в лесу с закрытым пологом на трех различных лесных участках. Мой экспериментальный план иерархичен и несбалансирован.

Упрощенное описание плана исследования (этот упрощенный дизайн отражен в подзаголовке ниже):

• Три лесных массива;
• Внутри каждого лесного массива есть два просвета в пологе;
• С каждым пробелом в пологе связаны три квадрата — один в самом разрыве и два в соседнем лесу с закрытым пологом (здесь данные несбалансированы).

Мне интересно сравнить сообщество в пробелах с сообществом в соседнем лесу, используя PERMANOVA, реализованную в vegan::adonis2(). Поскольку структура опроса является иерархической, я должен ограничить перестановки. Однако сообщается, что пакет permute требует, чтобы «набор данных был сбалансирован», что означает, что «несбалансированные данные придется переставлять вручную» (ссылка ). Мой вопрос:

• Правда ли, что permute не поддерживает несбалансированные данные?
• Если это не так, то как я могу использовать пакет permute таким образом, чтобы учитывать несбалансированные данные в контексте определения ограничений перестановки внутри vegan::adonis2()?

Ниже приведен макет tibble в формате моих основных данных.

# read in packages
library(tibble)
library(vegan)
library(permute)

# Define tibble, where rows correspond to individual survey quadrats
# Tibble contains:
### three forested areas (column 'forestarea'); 
### six gaps (column 'gapNo'); 
### status of quadrat as gap or forest (column 'gapOrforest');
### count data for six insect species. 
data <- tibble(
  # three forest areas, each with 2 canopy gaps 
  forestarea = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 3),
  gapNo = c(1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 6, 6, 6),
  # quadrat status as in gap or in forest
  gapOrforest = rep(c("g", "f", "f"), 6),
  # species data, integer counts
  species1 = c(50, 0, 0, 65, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 42, 0, 0),
  species2 = c(0, 10, 8, 0, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 5, 9, 9),
  species3 = c(30, 0, 10, 0, 0, 23, 0, 0, 0, 45, 0, 0, 23, 10, 0, 43, 21, 60),
  species4 = c(0, 5, 12, 0, 0, 3, 20, 0, 0, 0, 15, 0, 0, 0, 18, 0, 0, 0),
  species5 = c(25, 0, 0, 0, 13, 0, 0, 0, 22, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 14, 0, 0),
  species6 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 17, 4, 5, 0, 0, 0, 6, 0),
  species7 = c(14, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 4),
  species8 = c(0, 7, 0, 0, 0, 5, 0, 0, 0, 12, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0),
  species9 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 5, 0, 0, 0, 0, 0),
  species10 = c(8, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 0, 0, 0)
)

Если бы данные были сбалансированы, PERMANOVA с ограниченными перестановками выполнялась бы, как показано ниже:

    dist <- vegdist(data[,4:ncol(data)])
    
    control <- how(within = Within(type = "free"),
                 plots = Plots(strata = data$gapNo, type = "none"),
                 nperm = 999,
                 observed = TRUE)
    
    adonis2(dist ~ gapNo, 
            data=data,
            permutations = control)

Можно ли изменить использование функции how() (или пакета permute в более широком смысле), как показано выше, для поддержки несбалансированных данных?