Файл .conda_trash создается в Windows, когда conda пытается удалить папку, содержащую используемые файлы. Поскольку Windows не может удалять файлы, которые используются (я думаю, что пользователи Linux не сталкиваются с проблемой .conda_trash).
При загрузке есть функция delete_trash, которая сканирует все дерево в поисках этих файлов и удаляет их.
Таким образом, в основном conda должна быть в состоянии избавиться от этих файлов сама по себе. Но если они больше не нужны (и занимают слишком много времени при загрузке), не должно возникнуть проблем с их удалением вручную.
Я проверил на своем ПК, что файлы ~.conda_trash
можно удалить из папки Scripts
, не влияя на распространение Anaconda.