Настройка оси x в plot.xts

Вам нужно просто подмножить свой xts-объект, чтобы увеличить его:

xts_data <- AAPL[ , 6]
xts_zoom <- xts_data['2012/2015']
plot.xts(xts_zoom)

Причина, по которой установка xlim вручную не работает, заключается в том, что значения xlim рассчитываются внутри самого plot.xts(). См., например, строки 123-134 исходного кода plot.xts():

   if (cs$Env$observation.based) {
        cs$Env$xycoords <- xy.coords(1:NROW(cs$Env$xdata[subset]))
        cs$set_xlim(c(1, NROW(cs$Env$xdata[subset])))
        cs$Env$xstep <- 1
    }
    else {
        xycoords <- xy.coords(.index(cs$Env$xdata[cs$Env$xsubset]), 
        cs$Env$xdata[cs$Env$xsubset][, 1])
        cs$Env$xycoords <- xycoords
        cs$Env$xlim <- range(xycoords$x, na.rm = TRUE)
        ...
    }

Другой вариант — использовать встроенные инструменты масштабирования самого пакета quantmod:

chartSeries(xts_data)
zoomChart('2012/2015')