Не могу получить значение ввода

Эта строка устанавливает идентификатор <td>, а не добавленного дочернего элемента ввода:

td2.setAttribute("id", "nr");

Как сказал @takendarkk, тег <td> не имеет атрибута value.

В своем коде определите в другой переменной создание ввода, чтобы вы могли позже указать идентификатор для реферера, например:

let tr = document.createElement("tr");
let td1 = document.createElement("td");
let td2 = document.createElement("td");
let input = document.createElement("input"); // Created input
input.setAttribute("id","nr"); // Given an id
td1.appendChild(document.createTextNode("Number:"));
td2.appendChild(input); // Appended the input element previously created
tr.appendChild(td1);
tr.appendChild(td2);
table.appendChild(tr);

As @AlexeyZelenin suggested, you should use let or var on variable definitions to prevent modifying another variable outside the current scope.

Посмотрите на пример:

Нажмите кнопку, чтобы получить значение ввода.

const table = document.querySelector("table");

function createRow() {
  let tr = document.createElement("tr");
  let td1 = document.createElement("td");
  let td2 = document.createElement("td");
  let input = document.createElement("input");
  input.setAttribute("id","nr");
  td1.appendChild(document.createTextNode("Number:"));
  td2.appendChild(input);
  tr.appendChild(td1);
  tr.appendChild(td2);
  table.appendChild(tr);
}

createRow();

function showValue(){
  console.info(document.getElementById("nr").value);
}

<table></table><button onclick = "showValue()">Show value</button>