Не удалось установить rstanarm на Ubuntu 18.04 LTS

Я не могу установить rstanarm на R 3.5.3 работающий на Ubuntu 18.04 LTS. Я использовал следующие команды:

install.packages("rstanarm")

а также

devtools::install_github("stan-dev/rstanarm", build_vignettes = FALSE)

и оба выдают следующую ошибку:

Execution halted
Makevars:17: recipe for target 'stan_files/lm.cc' failed
make: *** [stan_files/lm.cc] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘rstanarm’

информация о сеансе

sessionInfo()
R version 3.5.3 (2019-03-11)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.2 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] usethis_1.5.0  devtools_2.0.1

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.1        ps_1.3.0          prettyunits_1.0.2 rprojroot_1.3-2  
 [5] digest_0.6.18     crayon_1.3.4      withr_2.1.2       assertthat_0.2.1 
 [9] R6_2.4.0          backports_1.1.3   magrittr_1.5      rlang_0.3.4      
[13] cli_1.1.0         curl_3.3          fs_1.2.7          remotes_2.0.2    
[17] testthat_2.0.1    callr_3.2.0       desc_1.2.0        tools_3.5.3      
[21] glue_1.3.1        pkgload_1.0.2     compiler_3.5.3    processx_3.3.0   
[25] pkgbuild_1.0.3    sessioninfo_1.1.1 tcltk_3.5.3       memoise_1.1.0    
> 

У вас есть все из github.com/stan-dev/rstan/wiki/… ?

Ben Goodrich 10.04.2019 14:45

Поскольку вы используете более новую версию Ubuntu, это маловероятно, но стоит проверить версию g++.

amatsuo_net 10.04.2019 15:37

Спасибо @BenGoodrich за ваш комментарий. Я уже пробовал все это, но все равно это не работает. Есть предположения. Спасибо

MYaseen208 13.04.2019 11:36

Что показывает до слова Execution halted?

duckmayr 13.04.2019 12:47

@duckmayr: "/usr/lib/R/bin/Rscript" -e "source(file.path('..', 'tools', 'make_cc.R')); make_cc(commandArgs(TRUE))" stan_files/lm.stan Error: (converted from warning) S3 methods 'print.stanfit', 'as.array.stanfit', 'as.matrix.stanfit', 'as.data.frame.stanfit', 'is.array.stanfit', 'dim.stanfit', 'dimnames.stanfit', 'names.stanfit', 'names<-.stanfit', 'pairs.stanfit', 'loo.stanfit' were declared in NAMESPACE but not found

MYaseen208 13.04.2019 12:52

@MYaseen208 Вы пробовали (из терминала) sudo apt update, а затем sudo apt install r-cran-rstan?

duckmayr 13.04.2019 12:57

@duckmayr: Да, я уже пробовал sudo apt update, а затем sudo apt install r-cran-rstan выдает ошибку: `E: Не удалось найти пакет r-cran-rstan`. Есть предположения

MYaseen208 13.04.2019 13:01

@MYaseen208 Извините, я забыл добавить, что вам нужно сначала добавить PPA: sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/rrutter" и sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/c2d4u"

duckmayr 13.04.2019 13:02

@duckmayr: я также добавил PPA

MYaseen208 13.04.2019 13:03

Давайте продолжить обсуждение в чате.

duckmayr 13.04.2019 13:15

у вас есть файл .RProfile либо в вашем домашнем каталоге, либо в каталоге R, если у вас есть, то, пожалуйста, не могли бы вы поделиться его содержимым здесь или добавить его к своему вопросу?

WaLid LamRaoui 20.04.2019 01:12
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
12
11
1 555
2
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 2

Ответ принят как подходящий

В Ubuntu 18.04 + R 3.5.3 вы можете установить rstanarm следующим образом:

sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/rrutter"
sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/c2d4u3.5"
sudo apt update
sudo apt install r-cran-rstanarm

Некоторая справочная информация о том, почему у вас могли возникнуть проблемы ранее:

Руководство по установке RStan для Ubuntu устарело для тех, кто использует R 3.5.x.

Бен Гудрич связан в комментариях с RStan GitHub Руководство по установке RStan в Linux. Там для Ubuntu советуют следующее:

# Add marutter's c2d4u repository, (and rrutter for CRAN builds too)
sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/rrutter"
sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/c2d4u"
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-cran-rstan

Однако для более новых версий R вам нужно вместо этого сделать следующее

# Add marutter's c2d4u repository, (and rrutter for CRAN builds too)
sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/rrutter"
sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/c2d4u3.5"
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-cran-rstan

Это должно установить RStan на Ubuntu 18.04 + R 3.5.3.

Получил установку. Однако library(rstanarm) выдает следующее Error: package or namespace load failed for ‘rstanarm’ in library.dynam(lib, package, package.lib): shared object ‘rstanarm.so’ not found. Любые мысли, пожалуйста.

MYaseen208 13.04.2019 16:37

@ MYaseen208 Возвращает ли что-нибудь запуск find . -name 00LOCK-rstan* из терминала (из вашего домашнего каталога)?

duckmayr 13.04.2019 20:20

Ничего не нашел.

MYaseen208 14.04.2019 07:50

В первый раз, когда эта ошибка возникла и если предположить, что у вас есть .RProfile в корневом каталоге R, вы, скорее всего, найдете строку, в которой говорится: setwd("~/R"), продолжайте и прокомментируйте эту строку, перезапустите R и получите новый сеанс, затем запустите снова: install.packages("rstanarm") вы должны быть в состоянии установить rstanarm успешно, не забудьте раскомментировать setwd("~/R") после установки, причина возникновения этой ошибки заключается в том, что сценарий установки rstanarm предполагает, что рабочий каталог является корнем каталога пакета, что не так. когда вы звоните setwd() в .Rprofile если вы хотите попробовать это .. пожалуйста, удалите rstanarm, который вы установили с помощью PPA

Другие вопросы по теме