Необычность; получить репозиторий github в домашний каталог пользователей

Цель

Цель состоит в том, чтобы создать контейнер сингулярности, который устанавливает некоторые пакеты, затем клонирует пользовательский пакет из репозитория git и создает его. Пользователю необходимо иметь разрешение на выполнение действий с пользовательским пакетом, и в идеале он должен находиться в домашнем каталоге пользователя сингулярности, но это кажется более сложным, чем я ожидал.

Сингулярность почти всегда будет запускаться как оболочка, она должна содержать группу проблемных пользовательских пакетов и генерировать результаты из них повторяемым и общим способом.

Проблема

Клонирование репозитория git выглядит нормально, но единственное место, где я могу его увидеть, — это /github_repo, и оно всегда принадлежит пользователю root.

Я не могу получить его в домашнем каталоге пользователя, потому что во время %post переменная $HOME, похоже, не указывает на домашний каталог пользователя, она указывает на /root, а созданные объекты принадлежат root. На самом деле, пока /home существует, он пуст, кажется, что пользователь еще не существует.

Я попытался клонировать /github_repo, а затем добавить

chown -R $USER /github_repo
chmod -R 766 /github_repo

к %post. Контейнер можно собрать и запустить, и когда он работает;

$ ls -lh /github_repo
ls: cannot access '/github_repo': Permission denied
total 0
d????????? ? ? ? ?           ? CorrectNameOfGithubFolder
-????????? ? ? ? ?           ? CorrectNameOfGithubFile

То есть он может видеть имена файлов и папок, но не их разрешения? Я даже не знал, что это возможно. Если я не буду возиться с разрешениями в %post, это совершенно нормальный файл, принадлежащий пользователю root.

Рецепт блюда

Это то, что у меня есть до сих пор, вы должны найти, что оно строится и работает. Если вы хотите запустить его, сохраните рецепт как example.def, затем выполните

sudo singularity build example.sif example.def
singularity run --containall example.sif

а потом попробуй

$ ls -lh /packages

пример.def

BootStrap: docker
From: ubuntu:18.04
    
# commands on the host system
%setup
    # make print colour #
    GREEN='\033[0;32m'
    NOCOLOUR='\033[0m'
    echo "${GREEN}~~~ Getting modified packages from github ~~~ ${NOCOLOUR}"
    export PACKAGES_TMP=/tmp/packages
    rm -fr $PACKAGES_TMP
    mkdir -p $PACKAGES_TMP
    git clone https://github.com/rootpy/rootpy-tutorials.git $PACKAGES_TMP
    cp -R ${PACKAGES_TMP} ${SINGULARITY_ROOTFS}

# get files from the host (but we dont need any)
%files

# what is done when the container is built
%post
    # make print colour #
    GREEN='\033[0;32m'
    NOCOLOUR='\033[0m'
    # start
    echo "${GREEN}~~~ install apt packages ~~~ ${NOCOLOUR}"
    apt -y update
    # for fetching from repos if needed
    apt -y install git
    # for getting anything else from the net
    apt -y install wget
    # text editors
    apt -y install vim-tiny
    apt -y install nano
    # for making downloaded packages
    apt -y install make

    echo "${GREEN}~~~ Set up a .bashrc ~~~ ${NOCOLOUR}"
    BASHRC=/home/.bashrc
    touch $BASHRC
    echo "alias vim=vim.tiny\n" >> $BASHRC
    # will be called in run

    ## Not working???
    ## the /home/ directory appears empty
    # echo "${GREEN}~~~ Move packages to home dir ~~~ ${NOCOLOUR}"
    MY_HOME=$(ls -l /home/)
    echo in post home is $MY_HOME
    touch ~/test
    touch $HOME/test
    mkdir $HOME/test_dir
    # PACKAGES=$MY_HOME/packages/
    # mv /packages $PACKAGES
    
    echo "${GREEN}~~~ Give the user permission and control ~~~ ${NOCOLOUR}"
    # this bit does odd things
    PACKAGES=/packages
    chown -R $USER $PACKAGES
    chmod -R 766 $PACKAGES

    echo "${GREEN}~~~ Making the packages ~~~ ${NOCOLOUR}"
    # need to implement


# enviroment variabels instide the container
# sourced at run time not build time
%environment
    export PACKAGES=/packages/
    export BASHRC=/home/.bashrc


# this is executed when the contain is launched with
# singularity run example.sif
%runscript
    MY_HOME=$(ls -l /home/)
    echo at run home is $MY_HOME
    touch ~/runtest1
    touch $HOME/runtest2
    mkdir $HOME/runtest_dir
    ls -lh /
    ls -lh $HOME
    ls -lh $HOME/runtest_dir/
    # source the .bashrc
    echo $BASHRC
    /bin/bash --rcfile $BASHRC
    

# this would be executed just after build
%test
    echo I havent written any tests

# metadata
%labels
    Author ClumsyCat
    Version v1.0

%help
    to build me
    > sudo singularity build example.sif example.def
    to run me do
    > singularity run --containall --bind /my/out/dir/ example.sif
        the "--containall" flag prevents interactions with your system
        the "--bind /my/out/dir/" mounts a directory in your system
        this allows scripts in that directory to be accessed from the image
        and results from the image to persist in the directory
        It also allows the run script to call .bashrc